在 R 中寫入 FASTA 文件 output

[英]writing FASTA file output in R

我正在嘗試使用 ClustalW 執行多序列 Alignment。 該代碼有效，我可以在 R 中看到我的終端上的對齊方式。 下面是我寫的代碼。 但是，當我運行 write.fasta function 時，我收到一條錯誤消息： 序列錯誤[(nbchar * q + 1):l]: 'S4' 類型的 ...

如何在 Jupyter 筆記本中為 python 使用 MSA 和 Clustal？

[英]How to use MSA and Clustal for python inside a Jupyter notebook?

我有一個 FASTA 文件，其中包含與州及其引用相關的序列。 是否可以通過 Jupyter notebook 使用 python 運行 MSA 和 clustal，然后使用對齊序列創建系統發育樹。 我不知道從哪里開始，當我被分配任務時也沒有明確的方向。 ...

來自核酸詞的系統發育樹

[英]phylogenetic trees from nucleic acid words

如果為n 個核酸序列構建了一個詞頻表（序列 ATG 對應於長度為 2 的兩個詞，AT 和 TG），則可以使用該表（直接或通過 PCA 降維后）來計算距離這些序列的矩陣，然后可以聚集成系統發育樹（doi：10.1007/s00285-002-0185-3）： 幾種病毒序列的系統發育樹 這工作得非常好， ...

在R中執行功能clustal（）時出現錯誤

[英]I get an error when execution the function clustal() in r

我是初學者R，我嘗試運行命令clustal(sylvia.seq) 我收到以下錯誤： 我在另一篇文章中看到了如何在Windows上修復它，但是不幸的是，我正在使用macOS，但我無法使其正常運行。 ...

命令行中的Clustal Omega

[英]Clustal Omega in Command Line

以下是當我在群集的omega軟件包中在終端上鍵入./configure時得到的結果。 然后，當我“制造”時，我得到了， 當我鍵入“ make”時，它必須能正常工作，因此我繼續安裝並安裝了歐米茄。 但這就是我得到的。 請告訴我應該怎么做。 ...

Bioperl程序執行中的錯誤

[英]Error in Bioperl program execution

我已經安裝了bioperl，但對從哪里獲取以及在哪里運行bioperl程序感到困惑。然后我對其進行了測試，並成功運行了多個序列的程序。 對准。 產生錯誤 無法在@INC中找到Bio / Tools / Run / Alignment / Clustalw.pm（@INC包含：/ ...

BioPython，如何從.fasta轉換為.aln以進行命令對齊？

[英]BioPython, how to convert from .fasta to .aln for clustal alignment?

我有一個要轉換為.aln的.fasta文件，以便可以與alignIO.read命令對齊，或者以某種方式給我的fasta文件“ Clustal Headers”，因為當我使用fasta文件時，它只會輸出一個已知的副標題是應該執行的“ ClustalwCommandline”返回，因為在本教程中它說 ...

R {ape} clustal無法找到clustalw2

[英]R {ape} clustal cannot find clustalw2

我是R語言的初學者。 我想在猿猴中使用R clustal函數來處理我的DNA序列，因此我們可以{pegas}進行進一步的分析。 但是，當我第一次嘗試使用手冊中提供的示例時： 但是我收到一條錯誤消息： 我想知道如何解決這個問題？ 順便說一下，我使用的操作系統是Mac ...

在沒有輸入FASTA文件的情況下運行clustalw2

[英]Run clustalw2 without input FASTA file

沒有輸入FASTA文件的情況下如何運行ClustalW2 ？ 我可以在命令中添加管道嗎？ 我目前正在遵循《 Biopython教程和食譜》中的6.2.1節 。 ...

使用Clustal從每行打印50個序列

[英]Print 50 sequences from each line using Clustal

我有一個多序列比對（Clustal）文件，我想閱讀此文件並以使序列看起來更清晰准確的方式排列序列。 我正在使用AlignIO對象從Biopython進行此AlignIO ： 我的輸出看起來很亂，長時間滾動。 我想做的是每行僅打印50個序列，並繼續直到比對文件結束。 我希望從 ...