R ape包中的subtrees（）-如何在子树中标记内部节点？

Question

我正在使用R中的ape包。我想要一个phylogenetic树中每个可能的subtree的列表。 然后，我想遍历子树列表并获取每个子树的根。 我的问题是，为每个子树列出的第一个内部节点是否是该子树的根？

一个例子也许可以更好地说明我的问题。 我用12个技巧创建了一个随机树，然后提取子树。 我已经复制了子树1的输出。R然后列出了一些东西，包括Node labels: 13, 14, ...每个子树Node labels: 13, 14, ... 节点标签中列出的第一个节点（在本例中为节点13）是否始终是子树的根？

phy = rtree(12)

st = subtrees(phy)

>st[[1]]

> st

[[1]]

Phylogenetic tree with 12 tips and 11 internal nodes.

Tip labels:
    t12, t2, t10, t1, t9, t4, ...

Node labels:
    13, 14, 15, 16, 17, 18, ...

Rooted; includes branch lengths.

Answer 1

似乎是这样。 为了进行验证，您可以通过将树转换为data.tree结构来使其可视化：

library(data.tree)
tr <- as.Node(phy)
print(tr)

这将显示为：

                        levelName
1  13                            
2   ¦--t7                        
3   °--14                        
4       ¦--15                    
5       ¦   ¦--t5                
6       ¦   °--t6                
7       °--16                    
8           ¦--17                
9           ¦   ¦--18            
10          ¦   ¦   ¦--19        
11          ¦   ¦   ¦   ¦--20    
12          ¦   ¦   ¦   ¦   ¦--t2
13          ¦   ¦   ¦   ¦   °--t9
14          ¦   ¦   ¦   °--t12   
15          ¦   ¦   °--t4        
16          ¦   °--21            
17          ¦       ¦--22        
18          ¦       ¦   ¦--t3    
19          ¦       ¦   °--t1    
20          ¦       °--23        
21          ¦           ¦--t10   
22          ¦           °--t11   
23          °--t8