使用猿在R中繪制相同序列

Question

您好，我有深度測序數據的系統樹。 問題是許多序列是相同的，所以我想用x大小的圓表示具有x個相同序列的節點。 使用APE包在R中很容易做到這一點。 問題是我有兩組要改變顏色的序列。 因此，例如在節點1上，相同序列的30％來自組1，而70％來自組2。理想情況下，節點上的這些圓圈實際上是餅圖，顯示了不同的表示形式，但我無法弄清楚如何計算媒介喂養猿。 有任何想法嗎？

Answer 1

用一個簡單的例子：

owl <- read.tree(text="owls(((Strix_aluco:4.2,Asio_otus:4.2):3.1,Athene_noctua:7.3):6.3,Tyto_alba:13.5);")
piedata <- cbind(c(10,50,75),c(90,50,25))

您需要的是：

1）知道節點的坐標
2）能夠在現有圖內繪制餅圖

對於第一部分， plot.phylo在內存中保留使用的坐標：

plot(owl)
owl.info <- get("last_plot.phylo", envir = .PlotPhyloEnv)
str(owl.info)
List of 20
 $ type           : chr "phylogram"
 $ use.edge.length: logi TRUE
 $ node.pos       : num 1
 $ show.tip.label : logi TRUE
 $ show.node.label: logi FALSE
 $ font           : num 3
 $ cex            : num 1
 $ adj            : num 0
 $ srt            : num 0
 $ no.margin      : logi FALSE
 $ label.offset   : num 0
 $ x.lim          : num [1:2] 0 17.7
 $ y.lim          : num [1:2] 1 4
 $ direction      : chr "rightwards"
 $ tip.color      : chr "black"
 $ Ntip           : int 4
 $ Nnode          : int 3
 $ edge           : int [1:6, 1:2] 5 6 7 7 6 5 6 7 1 2 ...
 $ xx             : num [1:7] 13.6 13.6 13.6 13.5 0 6.3 9.4
 $ yy             : num [1:7] 1 2 3 4 3.12 ...

xx和yy是phylo + nodes的坐標（它們的編號與phylo對象的edge元素中的編號相對應）。 這里我們的內部節點是節點5到7。
對於第二點包plotrix配備了一個方便floating.pie功能。

所以在這里：

plot(owl)
owl.info <- get("last_plot.phylo", envir = .PlotPhyloEnv)
for(i in 1:nrow(piedata)){
    floating.pie(owl.info$xx[4+i], 
                 owl.info$yy[4+i],
                 piedata[i,],
                 col=c("red","blue"),
                 xpd=TRUE)
    }

此外，如果要根據變量x改變餅圖的大小，請執行以下操作：

x <- c(3,6,2)
plot(owl)
owl.info <- get("last_plot.phylo", envir = .PlotPhyloEnv)
for(i in 1:nrow(piedata)){
    floating.pie(owl.info$xx[4+i], 
                 owl.info$yy[4+i],
                 piedata[i,],
                 radius=x[i]/5
                 col=c("red","blue"),
                 xpd=TRUE)
    }