heatmap.2（gplots）如何更改颜色键的水平大小并添加图例

Question

我用heatmap制作热图。 我知道如何控制许多参数，但我还没有找到一种方法，只使颜色键更宽或将其作为条形图的侧面或底部。

使用按键，它可以按比例修改高度和宽度。

另外，当使用ColSideColors时，我使用legend（）来放置颜色标签，但是“topright”不在右上角。 我知道这是关于绘图区域，边距等的，但我还没有找到一个很好的解释性文本，关于heatmap.2 plot的结构如何以及如何通过坐标定位事物以及如何处理oma，mar等。在边缘，样本，树深等处，图例可以放置在开放区域中或重叠一些热图。 任何关于用R图形来理解这些问题的好文本都将得到真正的赞赏。

使用的编码是：

df<- data.frame(  x1=rnorm(120,mean=rep(1:3,each=4),sd=0.2)
                  ,x2=rnorm(120,mean=rep(1:3,each=4),sd=0.2)
                  ,x3=rnorm(120,mean=rep(1:3,each=4),sd=0.2)
                  ,x4=rnorm(120,mean=rep(1:3,each=4),sd=0.2)
                  ,x5=rnorm(120,mean=rep(1:3,each=4),sd=0.2)
                  ,x6=rnorm(120,mean=rep(1:3,each=4),sd=0.2)
                  ,x7=rnorm(120,mean=rep(1:3,each=4),sd=0.2)
                  ,x8=rnorm(120,mean=rep(1:3,each=4),sd=0.2)
                  ,y1=rnorm(120,mean=rep(c(1,2,1),each=4),sd=0.2)
                  ,y2=rnorm(120,mean=rep(c(1,2,1),each=4),sd=0.2)
                  ,y3=rnorm(120,mean=rep(c(1,2,1),each=4),sd=0.2)
                  ,y4=rnorm(120,mean=rep(c(1,2,1),each=4),sd=0.2)
                  ,y5=rnorm(120,mean=rep(c(1,2,1),each=4),sd=0.2)
                  ,y6=rnorm(120,mean=rep(c(1,2,1),each=4),sd=0.2)
                  ,y7=rnorm(120,mean=rep(c(1,2,1),each=4),sd=0.2)
                  ,y8=rnorm(120,mean=rep(c(1,2,1),each=4),sd=0.2)
)
dataMatrix <- as.matrix(df)[sample(1:120),]
heatmap.2(dataMatrix
          , col=rev(brewer.pal(11,"RdBu"))
          , density.info="none"
          , key=TRUE
          , symkey=FALSE
          , trace="none"
          , cexRow=1
          , scale='row'
          , margins =c(10,9)
          , ColSideColors=c(rep("red", ncol(df)/2), rep("green", ncol(df)/2))
          , main="Log2_intensities median centered"
          , keysize=0.9)

legend('topright', c("x", "y"),lty=1, col=c("red", "green"), cex=0.8)

Answer 1

你可以尝试添加'inset'参数并使用尺寸来进一步向右移动图例（第一个值）和/或进一步向顶部移动（第二个值），例如：

传奇（'topright'，inset = c（。02，。02）等......）

Answer 2

有一种方法可以组织你在这里描述的情节： 在R heatmap中移动颜色键.2（gplots包的功能）当有一个ColSideColors ， heatmap.2会将图绘制为

1 ColSideColors

2热图

3 ...等等，如上面的链接

从未使用RowSideColors进行测试。 换句话说，您可以使用lwid lmat ， lwid ， lhei参数组织heatmap.2 。 这可以为你的传奇提供一些空间。