如何在gplots heatmap.2中设置轴标签大小？

Question

我找不到为热图本身设置轴标签大小的方法。 传递给heatmap.2的cex.lab参数无效。 调用par(cex.lab = 2.5)对图例轴标签和标题有影响（这些都在一起，我无法想象如果想要只更改标题的话......）。 无论如何，我的问题是热图轴标签尺寸。 示例代码：

require(gplots)

data(mtcars)
x <- as.matrix(mtcars)
heatmap.2(x, ylab = 'foo bar', xlab = 'bar foo')
par(cex.lab = 5.0)
heatmap.2(x, ylab = 'foo bar', xlab = 'bar foo')

Answer 1

检查heatmap.2代码是不可能的设计。 heatmap.2调用image来绘制热图，并将额外的关键字args（ ... ）传递给它，因此调用heatmap.2(..., cex.lab = n, ...)会成功，并且image考虑par ，所以也这样，它可能是可能的。 但是这里xlab和ylab被替换为空字符串，并且以后绘制了ticklabels和axis标签：

# from gplots heatmap.2 source:
image(1:nc, 1:nr, x, xlim = 0.5+ c(0, nc), ylim = 0.5+ c(0, nr),
    axes = FALSE, xlab = '', ylab = '', col=col, breaks=breaks,
    ...)

然后绘制轴标签，它使用mtext ，它对par参数不敏感，但接受cex参数，这里没有提供：

# from gplots heatmap.2 source:
if(!is.null(xlab)) mtext(xlab, side = 1, line = margins[1] - 1.25)
if(!is.null(ylab)) mtext(ylab, side = 4, line = margins[2] - 1.25)

这意味着这些标签总是大小相同，而热图有时会很大，所以这可能是一个问题。 也可以缩小图形设备，以及具有自定义选项的所有其他文本元素，然后轴标签的相对大小将更大。 但是我们如何能够以更灵活的方式解决这个问题呢？ 我修改了这样的代码：

# gplots heatmap.2 code modified:
## add row and column headings (xlab, ylab)
cex.lab <- ifelse(invalid(match.call()$cex.lab), 1.0, match.call()$cex.lab)
if(!is.null(xlab)) mtext(xlab, side = 1,
                         line = margins[1] - 1.25 + cex.lab / 5,
                         cex = cex.lab)
if(!is.null(ylab)) mtext(ylab, side = 4,
                         line = margins[2] - 1.25 + cex.lab / 5,
                         cex = cex.lab)

唯一的问题是定位参数现在是cex.lab / 5 ，这避免了在合理范围内与ticklabels重叠，但maye应该将另一个参数添加到函数中，因此用户可以修改它是否适合。

您可以将heatmap.2.R从gplots 源复制到您的工作目录，修改它并获取它：

source('heatmap.2.R')

但是，您还需要将这些行添加到开头：

require(gtools)
plot.dendrogram = stats:::plot.dendrogram