R heatmap.2（图）访问树状图数据

Question

在RI中，使用heatmap.2（来自gplots包）对数据进行聚类和可视化。

我想访问列树状图（群集）以进一步处理我的数据。

例如：

x = matrix(runif(250), nrow= 50) h = heatmap.2(x)

h$colDendrogram 
'dendrogram' with 2 branches and 5 members total, at height 3.033438

有没有一种方法可以知道属于第一个分支的列的索引和属于第二个分支的列的索引（以自动方式；当然，在这种简单情况下，我可能只看x轴上的标签）。

此外，我如何访问其他子分支？

Answer 1

可以使用as.hclust（）函数并将生成的对象视为R hclust对象。

对于问题中提出的特定情况，这是如何访问列树状图：

colhclust = as.hclust(h$colDendrogram)
groups = cutree(cl,2)

groups是包含每个列的组的向量；

id_g1 = which(groups == 1)

包含属于第一个分支的项目的索引。