R heatmap.2（圖）訪問樹狀圖數據

Question

在RI中，使用heatmap.2（來自gplots包）對數據進行聚類和可視化。

我想訪問列樹狀圖（群集）以進一步處理我的數據。

例如：

x = matrix(runif(250), nrow= 50) h = heatmap.2(x)

h$colDendrogram 
'dendrogram' with 2 branches and 5 members total, at height 3.033438

有沒有一種方法可以知道屬於第一個分支的列的索引和屬於第二個分支的列的索引（以自動方式；當然，在這種簡單情況下，我可能只看x軸上的標簽）。

此外，我如何訪問其他子分支？

Answer 1

可以使用as.hclust（）函數並將生成的對象視為R hclust對象。

對於問題中提出的特定情況，這是如何訪問列樹狀圖：

colhclust = as.hclust(h$colDendrogram)
groups = cutree(cl,2)

groups是包含每個列的組的向量；

id_g1 = which(groups == 1)

包含屬於第一個分支的項目的索引。