R：居中 heatmap.2 鍵（gplots 包）

Question

我想通過 heatmap.2() 命令創建一個熱圖，其顏色鍵以 0 為中心（即白色 -> 0，紅色 -> 大於 0，藍色 -> 小於 0），同時保持 scale= “無”，因為我有興趣繪制實際值的熱圖。 但是，在使用以下行時，我所有的熱圖都不以零為中心：

library(gplots)
outputHeatmap <- heatmap.2(heatmapInputActual, dendrogram="none", Rowv=FALSE,
    Colv=FALSE, col= bluered(256), scale="none", key=TRUE, density.info="none", 
    trace="none", cexRow=0.125, cexCol=0.125, symm=FALSE, symkey=TRUE)

我認為使用命令 symkey=TRUE 會起作用，但它不起作用。 我正在嘗試制作熱圖的變量是一個 (nx 3) 數值矩陣。 上述 heatmap.2() 命令的一個有問題的輸入如下：

8.408458  5.661144   0.00000000
4.620846  4.932283  -0.46570468
-4.638912 -3.471838  -0.12146109
-4.822829 -3.946024   0.06403327
3.948832  4.520447  -0.31945941

感謝您的時間。 我期待着您的回復。

Answer 1

解決方案似乎只是將symbreaks添加到您的heatmap.2 。 這是一個完全可重現的數據示例：

library(gplots)
#read your example data
heatmapInputActual <- read.table(textConnection(
"8.408458 5.661144 0.00000000
4.620846 4.932283 -0.46570468
-4.638912 -3.471838 -0.12146109
-4.822829 -3.946024 0.06403327
3.948832 4.520447 -0.31945941
"),as.is=TRUE)
#convert sample data to matrix
heatmapInputActual <- as.matrix(heatmapInputActual)
#just add symbreaks to the end of your code
heatmap.2(heatmapInputActual, dendrogram="none", Rowv=FALSE, Colv=FALSE, 
          col = bluered(256), scale="none", key=TRUE, density.info="none", 
          trace="none", cexRow=0.125, cexCol=0.125, symm=F,symkey=T,symbreaks=T)