R gplots中heatmap.2中的错误

Question

我在gplots中使用heatmap.2在R中创建热图。我的代码过去可以很好地用于创建热图。 但是最近它开始引发错误。 我不确定为什么会这样。

# Matrix to feed heatmap.2
mat = as.matrix(sort_pkmat)
# color palette for diff. colors
my_palette <- colorRampPalette(c("white","red","red4"))(n = 299)
# color breaks for range
col_breaks = c(seq(0,40,length=100),
               seq(40,60,length=100),
               seq(60,90,length=100))

path1 = paste(path,name,'.png', sep = '')
print(path1)
png(path1, 
    width = 10*300,        # 5 x 300 pixels
    height = 8*300,
    res = 300,            # 300 pixels per inch
    pointsize = 8)


heatmap.2(mat, 
          #cellnote = mat,  # same data set for cell labels
          main = "Tag_density_HeatMap", # heat map title
          xlab = "Peaks",
          ylab = "Chip_samples",
          labRow = FALSE,
          labCol = FALSE,
          cexRow = 0.7,           # Changes the size of col and row font size
          cexCol = 0.2,
          notecol="black",      # change font color of cell labels to black
          density.info="none",  # turns off density plot inside color legend
          trace="none",         # turns off trace lines inside the heat map
          margins =c(3,5),     # widens margins around plot
          col=my_palette,       # use on color palette defined earlier
          breaks=col_breaks,    # enable color transition at specified limits
          dendrogram="none",     # only draw a row dendrogram
          Colv= FALSE,           #cluster column
          Rowv = FALSE,
          #keysize = 1
)
dev.off()

现在抛出错误：

Error in seq.default(min.raw, max.raw, by = min(diff(breaks)/4)) : 
  invalid (to - from)/by in seq(.)
> dev.off()
null device 
          1 

此代码绘制热图，但不绘制颜色键 。

Answer 1

我在使用热图2时遇到了同样的问题。 这似乎是由于diff（breaks）返回的向量中具有一个或多个零值而导致的。 当min（diff（breaks））为零时，“ by”调用失败。 我将断点更改为不重叠，并且可以显示颜色键。

最初我有：breaks = c（seq（0,0.033，length = 25），seq（0.033,0.066，length = 26），seq（0.066,0.1，length = 25））

我将其更改为：breaks = c（seq（0,0.033，length = 25），seq（0.0331,0.066，length = 26），seq（0.0661,0.1，length = 25））

看来已解决了问题，并允许我再次使用颜色键。

Answer 2

我有同样的问题。 我能够用一个键来生成一个图，但是并没有我想要的那样多的控制：

我完全删除了“ breaks”选项，并使用了col = redblue（64），这产生了带有键的双色热图。

Answer 3

我遇到了以下问题，得到了上面的例子：

x = matrix(runif(100^2, min=0, max=100), ncol=100)
my_palette <- colorRampPalette(c("red", "yellow", "green"))(n = 99) # 100 percent
col_breaks = c(seq(0,10,length=40),  
             seq(11,40,length=30),              
             seq(41,100,length=30))
hm <- heatmap.2(x,
           col=my_palette,       
           breaks=col_breaks,
           dendrogram="none",
           Colv="NA", Rowv="NA")    

生成此热图：

起始热图

但是，如果我在矩阵中引入一个负数，然后修改向量的中断以解决这个负数，即

x = matrix(runif(100^2, min=-1, max=100), ncol=100)
col_breaks = c(seq(-1,10,length=40),  
             seq(11,40,length=30),              
             seq(41,100,length=30))
hm <- heatmap.2(x,
           col=my_palette,       
           breaks=col_breaks,
           dendrogram="none",
           Colv="NA", Rowv="NA")  

密钥完全失败：

失败的热图

在此答案之后，添加simkey=FALSE解决此问题，并且在此示例中似乎可行：

hm <- heatmap.2(x,
           col=my_palette,       
           breaks=col_breaks,
           symkey=FALSE,
           dendrogram="none",
           Colv="NA", Rowv="NA")

如你看到的：

正确的热图

Answer 4

使用相同的断点（在我的示例中分别为10和40两次）会产生此错误，即：

my_palette <- colorRampPalette(c("red", "yellow", "green"))(n = 99) # 100 percent


col_breaks = c(seq(0,10,length=40),  
                 seq(10,40,length=30),              
                 seq(40,100,length=30))

带来这个错误，而

my_palette <- colorRampPalette(c("red", "yellow", "green"))(n = 99) # 100 percent



col_breaks = c(seq(0,10,length=40),  
                 seq(11,40,length=30),              
                 seq(41,100,length=30))

解决此错误的原因：

x = matrix(runif(100^2, min=0, max=100), ncol=100)
hm <- heatmap.2(x,
               col=my_palette,       
               breaks=col_breaks,
               dendrogram="none",
               Colv="NA", Rowv="NA")