gplots中的R heatmap.2-通过树状图时无法复制该图：

Question

我试图获取通过heatmap.2生成的图，但想了解如何完成聚类。 因此，我尝试在函数调用之前复制树状图，并使用这些图进行绘制。 但是，最终数字不同。 有什么线索吗？

热点图1：

h<-heatmap.2(dat,col=redgreen, trace="none",
          xlab="Samples", ylab="Genes" ,scale="none" )

与

热点图2：

Rowv <- hclust( dist(dat))   #defaults to  method="euclidean" and method="complete") 
Colv <- hclust(dist(t(dat))) #same as above

heatmap.2(dat, Rowv=as.dendrogram(Rowv), Colv=as.dendrogram(Colv),
          col=redgreen, trace="none",
          xlab="Samples", ylab="Genes",scale="none" )

这两个将生成不同的热图。 有什么线索吗？

Answer 1

尝试

Rowv <- as.dendrogram(hclust(dist(X)))

也许as.dendrogram在这里有所不同。 R对我来说仍然是一团糟^ W ^ W。

Answer 2

我来晚了，但我会尽力的。 我不了解heatmap.2 ，但是默认情况下， heatmap.2对树状图进行重新排序。

要获得与不提供预先计算的树状图时得到的结果完全相同的结果，您必须说（对于行树状图）：

Rowv <- hclust( dist(dat))
Rowv <- reorder(as.dendrogram(Rowv), rowMeans(dat)) # reorder by the row means of dat <br/>

heatmap(dat, Rowv=Rowv, Colv=Colv=as.dendrogram(Colv),col=redgreen, trace="none",xlab="Samples", ylab="Genes",scale="none" ) 
# leaving everything else as in your original message