knitr：运行Rmarkdown文档中的所有块

Question

我有一个.rmd文件，该文件的编织过程很好。

我想运行文档中的所有块，以便可以在R Shell中浏览结果。

在Rstudio中，有一个选项可以运行文档中的所有块，但是我找不到在简单的R会话（在终端中打开）中实现相同效果的方法。

有没有办法做到这一点？

Answer 1

使用Run all chunks等效于：

• 创建一个临时R文件
• 使用knitr::purl将所有R块提取到临时文件中
• 使用source()运行文件
• 删除临时文件

像这样：

tempR <- tempfile(fileext = ".R")
library(knitr)
purl("SO-tag-package-dependencies.Rmd", output=tempR)
source(tempR)
unlink(tempR)

但是您将需要将其转换为功能。 这很容易，除了必须使用sys.source在全局环境中运行R脚本之外：

runAllChunks <- function(rmd, envir=globalenv()){
  tempR <- tempfile(tmpdir = ".", fileext = ".R")
  on.exit(unlink(tempR))
  knitr::purl(rmd, output=tempR)
  sys.source(tempR, envir=envir)
}

runAllChunks("SO-tag-package-dependencies.Rmd")

Answer 2

您甚至不必使用purl() ：如果您在R控制台中knit文档，则代码将在全局环境中进行评估（默认情况下，请参阅knit()的envir=选项）。

因此，如果您的文件是my.Rmd ，则只需运行

library(knitr)
knit('my.Rmd')

一个方便的技巧：如果只想运行到文档中的某个点，请插入如下错误：

stop('here')

在您希望其停止的代码块中的位置，并设置以下knitr选项：

opts_chunk $ set（错误=假）

在控制台中运行knit()之前。

Answer 3

以原始文本变量加载文件

file_name="your_file_name.Rmd"
txt <- readLines(file_name)

标识开始和结束块（第一列将是每个块的块开始的行，第二列将是块的结束行）

chunks <- matrix(grep("```",txt),ncol =  2,byrow = T)

选择开始和结束块之间的所有行，它们都是实际的代码作为字符串

temp <- apply(chunks,1,function(x) txt[(x[1]+1):(x[2]-1)])

执行代码。（此行执行所有包含在字符串变量中的代码）

eval(parse(text = temp))