无需聚合即可将 R 中的数据从长格式改成宽格式

Question

我正在做一个项目，我有一个长格式的文件，包含 131170 个对象和 4 个变量； 并非所有值都是 numeric ，我一直在尝试使用 reshape2 中的 dcast 函数，但是我如何尝试它都会给我带来聚合函数丢失的错误：默认为长度。 我不想更改我的数据我只想更改文件的格式。

这是我写的函数

W_data1 <- dcast(L_data1, formula = ID + Date ~ Metric, value.var = "Value") 

这是我的文件外观的示例。

ID     Date       Metric     Value
1003    3/5/2001    Age       74
1003    3/5/2001    Age       74
1003    3/5/2001    Age       74
1003    3/5/2001    Age       74
1003    3/5/2001    Sex        F
1003    3/5/2001    Sex        F
1003    3/5/2001    Sex        F
1003    3/5/2001    Sex        F
1003    3/5/2001    Dx         MM
1003    3/5/2001    Dx         MM
1003    3/5/2001    Dx         MM
1003    3/5/2001    Dx         MM
1003    3/5/2001    ISS.Stage   1

宽格式应如下所示：

ID      Age Sex Dx  Date       ISS Stage    Heavy Chain Isotype
1003    74  F   MM  3/5/2001    1           IgA
1003    74  F   MM  3/5/2001    1           IgA
1003    74  F   MM  3/5/2001    1           IgA
1003    74  F   MM  3/5/2001    1           IgA
1004    79  F   MM  1/1/1997    Unknown     N/A

每个 ID 有多个数据，有些可能有 4 组数据，有些只有一组。 ID 重复的原因是因为相同的变量在不同的日期对于相同的 ID 具有不同的值。

Answer 1

LHS 和 RHS 变量的组合中存在重复值。 如果您不希望dcast求助于length则需要添加一个指示变量来区分唯一值。

尝试：

L_data1$ind <- ave(1:nrow(L_data1), L_data1[1:3], FUN = seq_along)

dcast(L_data1, ID + Date ~ Metric + ind, value.var = "Value")
#     ID     Date Age_1 Age_2 Age_3 Age_4 Dx_1 Dx_2 Dx_3 Dx_4 ISS.Stage_1
# 1 1003 3/5/2001    74    74    74    74   MM   MM   MM   MM           1
#   Sex_1 Sex_2 Sex_3 Sex_4
# 1     F     F     F     F 

Answer 2

您正在构建一种情况，其中有多个项目可以粘在一个地方，因此 dcast 询问如何组装它们。 如果你只想要第一个，那么构建一个函数，作为“聚合函数”。：

W_data1 <- dcast(L_data1, formula = ID + Date ~ Metric, 
                 fun.aggregate=function(x){ as.character(x)[1] }, 
                 value.var = "Value")
 W_data1
#---------------------
    ID     Date Age Dx ISS.Stage Sex
1 1003 3/5/2001  74 MM         1   F

Answer 3

你也可以尝试reshape

  L_data1$Metric <- with(L_data1, 
             paste0(Metric,ave(seq_along(Metric), ID, Date, Metric, FUN = seq_along)))

  res <- reshape(L_data1, timevar="Metric", idvar=c("ID", "Date"), direction="wide")
  colnames(res) <- gsub("^[[:alpha:]]+\\.","",colnames(res))

  res
 #    ID     Date Age1 Age2 Age3 Age4 Sex1 Sex2 Sex3 Sex4 Dx1 Dx2 Dx3 Dx4
 #1 1003 3/5/2001   74   74   74   74    F    F    F    F  MM  MM  MM  MM
 #  ISS.Stage1
 #1          1