[英]Reshaping data in R from long to wide format without aggregation
我正在做一個項目,我有一個長格式的文件,包含 131170 個對象和 4 個變量; 並非所有值都是 numeric ,我一直在嘗試使用 reshape2 中的 dcast 函數,但是我如何嘗試它都會給我帶來聚合函數丟失的錯誤:默認為長度。 我不想更改我的數據我只想更改文件的格式。
這是我寫的函數
W_data1 <- dcast(L_data1, formula = ID + Date ~ Metric, value.var = "Value")
這是我的文件外觀的示例。
ID Date Metric Value
1003 3/5/2001 Age 74
1003 3/5/2001 Age 74
1003 3/5/2001 Age 74
1003 3/5/2001 Age 74
1003 3/5/2001 Sex F
1003 3/5/2001 Sex F
1003 3/5/2001 Sex F
1003 3/5/2001 Sex F
1003 3/5/2001 Dx MM
1003 3/5/2001 Dx MM
1003 3/5/2001 Dx MM
1003 3/5/2001 Dx MM
1003 3/5/2001 ISS.Stage 1
寬格式應如下所示:
ID Age Sex Dx Date ISS Stage Heavy Chain Isotype
1003 74 F MM 3/5/2001 1 IgA
1003 74 F MM 3/5/2001 1 IgA
1003 74 F MM 3/5/2001 1 IgA
1003 74 F MM 3/5/2001 1 IgA
1004 79 F MM 1/1/1997 Unknown N/A
每個 ID 有多個數據,有些可能有 4 組數據,有些只有一組。 ID 重復的原因是因為相同的變量在不同的日期對於相同的 ID 具有不同的值。
LHS 和 RHS 變量的組合中存在重復值。 如果您不希望dcast
求助於length
則需要添加一個指示變量來區分唯一值。
嘗試:
L_data1$ind <- ave(1:nrow(L_data1), L_data1[1:3], FUN = seq_along)
dcast(L_data1, ID + Date ~ Metric + ind, value.var = "Value")
# ID Date Age_1 Age_2 Age_3 Age_4 Dx_1 Dx_2 Dx_3 Dx_4 ISS.Stage_1
# 1 1003 3/5/2001 74 74 74 74 MM MM MM MM 1
# Sex_1 Sex_2 Sex_3 Sex_4
# 1 F F F F
您正在構建一種情況,其中有多個項目可以粘在一個地方,因此 dcast 詢問如何組裝它們。 如果你只想要第一個,那么構建一個函數,作為“聚合函數”。:
W_data1 <- dcast(L_data1, formula = ID + Date ~ Metric,
fun.aggregate=function(x){ as.character(x)[1] },
value.var = "Value")
W_data1
#---------------------
ID Date Age Dx ISS.Stage Sex
1 1003 3/5/2001 74 MM 1 F
你也可以嘗試reshape
L_data1$Metric <- with(L_data1,
paste0(Metric,ave(seq_along(Metric), ID, Date, Metric, FUN = seq_along)))
res <- reshape(L_data1, timevar="Metric", idvar=c("ID", "Date"), direction="wide")
colnames(res) <- gsub("^[[:alpha:]]+\\.","",colnames(res))
res
# ID Date Age1 Age2 Age3 Age4 Sex1 Sex2 Sex3 Sex4 Dx1 Dx2 Dx3 Dx4
#1 1003 3/5/2001 74 74 74 74 F F F F MM MM MM MM
# ISS.Stage1
#1 1
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