在Python中包装R函数

Question

我想将princurve包中的R函数包装起来。 使用ipython，我可以使用ipython cell R magic成功完成此操作：

%%R -i X -o s,lambda
fit1<-principal.curve(X)
s <- fit1$s
l <- fit1$lambda

但是我想要一个可以从模块导入的函数，例如：

from mymodule import principal_curve
s, l = principal_curve(X)

我想我必须直接使用rpy，我不确定如何...

Answer 1

我不使用R，但是在文档中使用此示例，您可以定义一个函数并将其导入到python模块中：

r_mod.py

from rpy2.robjects.packages import SignatureTranslatedAnonymousPackage

string = """
square <- function(x) {
    return(x^2)
}

cube <- function(x) {
    return(x^3)
}
"""

powerpack = SignatureTranslatedAnonymousPackage(string, "powerpack")

py_mod.py

from r_mod import powerpack

print powerpack.square(3)
[1] 9

Answer 2

只要R包中有函数，就可以使用importr ：

from rpy2.robjects.packages import importr
princurve = importr('princurve')

princurve.principal_curve(X)