编译Rcpp软件包

Question

背景

我的公司正在考虑与RStudio一起将R引入我们的工作环境。 作为安全检查的一部分，我们必须在程序包中编译每个不同的C / C ++文件，以扫描可能的安全漏洞。 我知道二进制文件可用，我真的希望我可以使用它们，但是我们必须自己编译。 我大约5年前没有R的经验，也没有使用c ++的经验。 我正在尝试仅编译Rcpp C ++代码，但我不知道这样做是否可行。

我尝试过的

我首先尝试使用VisualStudio进行编译，但发现它不符合c99。 然后，我尝试了cygwin，但它不支持w_strings 。 我现在已经安装了ubuntu，并且在编译时收到很多“未定义的引用”错误。 我知道（或至少我相信）Rcpp旨在帮助在R中使用C ++。鉴于此，我什至可以将其中一些文件编译为独立的二进制文件吗？

我在编译api.cpp时得到的一些空引用（我相信完整的列表会比局部列表提供更多的信息，因为它很长）：

undefined reference to 'R_NilValue'
undefined reference to 'REprintf'
undefined reference to 'R_FlushConsole'
undefined reference to 'Rf_install'
undefined reference to 'Rf_setAttrib'
undefined reference to 'Rf_mkChar'
undefined reference to 'SET_STRING_ELT'
undefined reference to 'Rf_allocVactor'
undefined reference to 'R_ExternalPtrAddr'
etc...

现在，我认为这是行不通的，因为我没有按照预期的方式使用Rcpp并传递任何值。 如果我尝试使用另一个使用Rcpp的R包，是否可以编译Rcpp C ++文件并保留二进制文件？ 除了将二进制文件从CRAN中删除，我还能做些什么？

解

这实际上是一个相对简单的解决方案，尽管大多数人都可以下载二进制文件，所以这无关紧要，但我在其他任何地方都找不到。

1）从CRAN下载（不适用于我的apt-get）

2）须藤tar -xvf Rcpp_X.XX.X.tar.gz

3）R CMD安装Rcpp

这将为您创建二进制.SO。

Answer 1

快速的：

• 拼写为Rcpp，即大写R，后跟小写cpp。 像文件扩展名。

• 您英勇地假设Rcpp可以由Visual Studio [1]编译。 不能[2]。 我们已经对此进行了数年的记录 ，即自2008年末重新启动Rcpp以来的最低记录。

• 请参阅每次下载Rcpp时随附的Rcpp FAQ中的条目1.3和2.9。

• 与Cygwin同上。 R不在Cygwin下构建。 因此，请勿尝试在Cygwin下构建Rcpp。

• 最后但并非最不重要的一点：不确定您对Rcpp文档的关注程度以及您的想法。 它不是为您将R脚本转换为Windows二进制文件的神奇小马。 没有这样的小马。 Rcpp是R的扩展程序包，它使R和C ++互换更加容易。 不多不少。 到目前为止，这里有数百个Rcpp问题，因此请四处看看。

这几乎几乎肯定也是一个可以解决的重复问题，但我现在没有时间看。

[1]请注意此处的单数形式，不是复数形式的“ Visual Studios”，或者您所指的不是太平洋西北地区的公司提供的编译器和IDE。

[2]除非您是真正的Windows C ++专家，否则愿意或多或少地构建自己的构建系统[3]

[3]这主要是由于R无法使用VS工具链构建。 $神知道人们已经尝试过了。 归咎于OS /编译器供应商没有遵循使R Core团队能够在Windows（通过gcc），OS X和基本上所有Unix风格（包括所有Linux变体）上提供一致产品的标准。

Answer 2

我尝试在Visual Studio上编译rcpp ，并指出5个链接错误，例如

未解析的外部符号Rf_allocVector和未解析的外部符号Rf_length

您知道我制作的文件仍需要添加到项目中以解决链接错误吗？

我确实克服了编译错误。 我没有声称我有完整的答案，但是由于我的声誉得分不够高，因此无法将其添加为评论。

我对OUT -> RCPP_TYPE_OUT和Class -> RCPP_TYPE_Class OUT -> RCPP_TYPE_OUT进行了区分大小写的全字替换。

由于我通常将警告视为错误，因此添加了预处理器macro

#define _CRT_SECURE_NO_WARNINGS
#define __INTEL_COMPILER 

我也忽略了警告4996 ，并将size_t转换为一个文件中的int 。

在包含rcpp.h之前，我对宏ERROR，min和max使用#undef 。