在macOS Mavericks 10.9.5上安装xlsx和rJava

Question

在我的Mac上安装rjava是一个真正的噩梦。

我的设置：

MacOS 10.9.5
Java: 7u71 (64 bits dowloaded from Oracle site)
R: R version 3.1.1 (2014-07-10)

首先，在命令行中我运行了

sudo R CMD javareconf

然后，我在里面跑了R：

install.packages('rJava')

编译结束时的错误是这样的：

JavaVM -F/opt/local/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -llzma -lm -liconv -licuuc -licui18n
ld: library not found for -licuuc
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make[2]: *** [libjri.jnilib] Error 1
make[1]: *** [src/JRI.jar] Error 2
make: *** [jri] Error 2
ERROR: compilation failed for package ‘rJava’
* removing ‘/Users/costa/Library/R/3.1/library/rJava’

我尝试了Java 8和Mac默认的java也得到了同样的错误。

Ideias？

Answer 1

我做了什么（使用macports R）作为root（sudo bash）：

• 编辑/opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf并更改行

   LIBS = -llzma -lm -liconv -licuuc -licui18n 

  至

   LIBS = -llzma -lm -liconv 

• 安装原始的1.6 Mac Java

• export JAVA_HOME=/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home

• 运行R CMD javareconf

现在你可以启动R并执行install.packages("rJava") 。 使用1.6版本的Java确保RStudio也可以加载rJava包。

如果您不打算使用RStudio，也可以使用Java 1.8

Answer 2

我的计算机上出现了同样的错误（Mac OS 10.9.5，Java 1.8.0_11，R 3.1.1）。 从Oracle（1.8.0_25）安装最新的Java JDK并没有解决问题。 但是，在更新Java之后，安装R 3.1.2解决了我的问题。 运行install.packages("rJava") ，这有效：

> library("rJava")
> .jinit() # this starts the JVM
> s <- .jnew("java/lang/String", "Hello World!")
> .jcall(s,"I","length")
[1] 12

请注意，更新JDK与GUI Java控制面板中的Java版本不同，可通过“系统”首选项访问。 后者只是互联网浏览器插件的JRE 。

Answer 3

我实际上可以通过使用Mac二进制文件在我的Macbook上安装rJava（运行OSX Yosemite和R版本3.2.3）来完全避免编辑我的环境。 首先，在R中执行以下操作以安装rJava：

install.packages("rJava", type = "mac.binary")

大概是独立于此，由于某种原因，在我第一次安装xlsxjars依赖项之前，我无法安装xlsx。 在R中执行以下操作：

install.packages(c("xlsxjars", "xlsx"))

使用这两个命令，xlsx似乎在mac上安装得很好！

Answer 4

这对我有用：

sudo R CMD javareconf

然后，在R解释器中：

install.packages('rJava', type='source')
install.packages('xlsx', type='source')

Answer 5

我遇到过同样的问题。 我正在使用OS X Yosemite，最初通过自制软件安装了R.

我执行了以下步骤来修复它：

1. 关闭R的所有实例
2. 在我的终端shell中，运行了sudo R CMD javareconf

3. 从我的终端打开R并运行：

   install_packages("rJava")

   install_packages("xlsx")

Answer 6

使用旧的Java SE 6，我可以通过运行javareconf来编译rJava，如下所示：

JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home \
JAVA_CPPFLAGS=-I/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX10.11.sdk/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Versions/Current/Headers/ \
r CMD javareconf