R中的行方向相关性

Question

我有两个相同大小的矩阵。 我想计算这些矩阵中每对行之间的相关系数; 第1行，A行，第1行，A第2行，第2行，B等。

A <- matrix(runif(1:200), nrow=20)
B <- matrix(runif(1:200), nrow=20)

我能想到的最好的是

ret <- sapply(1:20, function(i) cor(A[i,], B[i,]))

但它非常低效（矩阵有数万行）。 有更好，更快的方式吗？

Answer 1

这应该很快：

cA <- A - rowMeans(A)
cB <- B - rowMeans(B)
sA <- sqrt(rowMeans(cA^2))
sB <- sqrt(rowMeans(cB^2))

rowMeans(cA * cB) / (sA * sB)

Answer 2

您可以创建矢量化函数，为您计算协方差和SD，例如，

RowSD <- function(x) {
  sqrt(rowSums((x - rowMeans(x))^2)/(dim(x)[2] - 1))
}

VecCov <- function(x, y){
  rowSums((x - rowMeans(x))*(y - rowMeans(y)))/(dim(x)[2] - 1)
}

然后，干脆做

VecCov(A, B)/(RowSD(A) * RowSD(B))