R中的行方向相關性

Question

我有兩個相同大小的矩陣。 我想計算這些矩陣中每對行之間的相關系數; 第1行，A行，第1行，A第2行，第2行，B等。

A <- matrix(runif(1:200), nrow=20)
B <- matrix(runif(1:200), nrow=20)

我能想到的最好的是

ret <- sapply(1:20, function(i) cor(A[i,], B[i,]))

但它非常低效（矩陣有數萬行）。 有更好，更快的方式嗎？

Answer 1

這應該很快：

cA <- A - rowMeans(A)
cB <- B - rowMeans(B)
sA <- sqrt(rowMeans(cA^2))
sB <- sqrt(rowMeans(cB^2))

rowMeans(cA * cB) / (sA * sB)

Answer 2

您可以創建矢量化函數，為您計算協方差和SD，例如，

RowSD <- function(x) {
  sqrt(rowSums((x - rowMeans(x))^2)/(dim(x)[2] - 1))
}

VecCov <- function(x, y){
  rowSums((x - rowMeans(x))*(y - rowMeans(y)))/(dim(x)[2] - 1)
}

然后，干脆做

VecCov(A, B)/(RowSD(A) * RowSD(B))