绘制igraph网络像Gephi Force Atlas 2

Question

我有一个具有以下特征的网络（igraph）：

>g
IGRAPH DN-- 3370 16699 --
+ attr: name (v/c), grupo (v/n), year (v/n), grupo.freq (v/n),
  grupo.perc (v/n), vertex.frame.size (v/n), color (v/c),
  vertex.frame.color (v/c), grupo (e/n), year (e/n), color (e/c)

make clustering之后有以下组：

>table(V(g)$grupo)
   1    2    8
1516 1367  487

我对可以突出组之间关系的视图感兴趣(V(g)$grupo) 。 我使用Gephi软件和Force Atlas 2布局到下一张图片： http ： Gephi

我的问题是，如何在R中得到类似的结果？

我正在使用以下代码：

colbar <- rainbow(length(table(V(g)$grupo)))
V(g)$color <- colbar
E(g)$color <- colbar
V(g)$vertex.frame.color <- colbar
V(g)$vertex.frame.size <- 0.1

plot.igraph(
            g,
            layout=layout.fruchterman.reingold.grid,
            vertex.label=NA,
            vertex.size=1,
            edge.lty=1,
            edge.arrow.size=0.0000001
            )

点击链接下载我在csv或Rdata使用的数据： http ： Rdata

Answer 1

现在可以使用R中的代码生成Force Atlas 2布局： https ： //github.com/adolfoalvarez/Force-Atlas-2

布局尚未开发为包，因此您需要将代码源代码输入到R中，并使用“igraph”包。

用法是：

library(igraph)
g <- graph.ring(100)
layout.forceatlas2(g, iterations=10000, plotstep=500)

Answer 2

首先，获取ForceAtlas2包。

install.packages("devtools")
if (!require("ForceAtlas2")) devtools::install_github("analyxcompany/ForceAtlas2")
library("ForceAtlas2")

然后，渲染图g与布局l这样做（这里所有可用的布局参数）：

g <- erdos.renyi.game(1000, 1/1000)
l <- layout.forceatlas2(g, directed=TRUE, iterations = 100, 
                           linlog = FALSE, pos = NULL, nohubs = FALSE, 
                           k = 400, gravity=1, ks=0.1, ksmax=10, delta = 1,  
                           center=NULL, tolerance = 0.1, dim = 2,
                           plotstep=10, plotlabels=TRUE)
plot(g,layout=l)

如果您愿意vertex.size = 3, vertex.color = "red"可以将vertex.size = 3, vertex.color = "red"等选项提供给绘图函数。

Answer 3

现在@ciberalcito提到的ForceAtlas2函数是在R包中实现的。 请查看https://github.com/analyxcompany/ForceAtlas2