根据管道输出终止Bash脚本

Question

我编写了以下shell脚本：

#!/bin/bash


counter=0

while [ $counter -lt 250 ]; do
        perl Cumulative_Percentage.pl TP53.lst T1_endo.maf >> OutFile
        perl Optimize_Panel.pl TP53.LST T1_endo.maf >> TP53.lst 
        let counter=counter+1
done

而且效果很好。 问题在于，它经常要经过的循环要多得多。 如果循环应继续，则Perl脚本Optimize_Panel.pl将打印一行；如果循环应停止，则退出而不打印而退出。 我想如果Optimize_Panel.pl退出而不是打印，则while循环终止 ...但是如何？

我可以想象的一种可能的解决方案是运行

wc TP53.lst

在循环的开始和结束； 首先将其设置为变量，然后检查其是否增加，然后如果未附加TP53.lst，则将其引导至过早的done语句。 我相信这可以解决问题，但感觉很笨拙，我怀疑有一种更简单的方法来修改Shell脚本。

我可以想到的另一种方法是将Optimize_Panel.pl的输出传递到一个临时文件中，然后以某种方式检查该文件是否为空。

有任何想法吗？

Answer 1

您可以将输出捕获到变量中，如果该变量的长度为零，则可以中断循环。

while [ $counter -lt 250 ]; do
    perl Cumulative_Percentage.pl TP53.lst T1_endo.maf >> OutFile
    output=$(perl Optimize_Panel.pl TP53.LST T1_endo.maf)
    [ -z "$output" ] && break
    echo "$output" >> TP53.lst 
    let counter=counter+1
done

Answer 2

简单的破解（以防perl脚本不产生有意义的退出状态）：

perl Optimize_Panel.pl TP53.LST T1_endo.maf | grep . >> TP53.lst || break

grep . 匹配任何非空行，因此这是一种删除空行的方法。 但这也是一种检测是否有非空行的方法。 如果没有，它将完全失败。 当然，如果perl脚本提供适当的退出状态代码（成功则为0，失败则为非零）会更好，在这种情况下，您可以省略| grep . | grep . hack。）

顺便说一句，您可以使用bash的算术语句来使脚本更具可读性：

for ((counter=0; counter < 250; ++counter)); do
    perl Cumulative_Percentage.pl TP53.lst T1_endo.maf >> OutFile
    perl Optimize_Panel.pl TP53.LST T1_endo.maf |
      grep . >> TP53.lst || break;
done