素食主义者的阿多尼斯功能不起作用

Question

我在解决一个错误时遇到问题。 这是我尝试执行的行：

library(vegan)
adonis(data = dset, adiv ~ N+P+K)

它返回一条失败消息：

Error in rowSums(x, na.rm = TRUE) : 
  'x' must be an array of at least two dimensions

数据集似乎一切正常，因为aov（data = dset，adiv〜N + P + K）可以正常工作。 我知道当某些函数删除数据框尺寸时会出现此类错误，但在这种情况下我不知道如何解决。

编辑。 添加我的数据集。

treatment   N   P   K   M   adiv
N   1   0   0   0   0.2059
P   0   1   0   0   0.20856
K   0   0   1   0   0.22935
O   0   0   0   0   0.10729
NP  1   1   0   0   0.30674
NK  1   0   1   0   0.30509
PK  0   1   1   0   0.30606
NPK+    1   1   1   1   0.50389
NPK 1   1   1   0   0.40731
manure  0   0   0   1   0.2085

在尝试执行阿多尼斯之前，我需要使用以下方法将治疗值转换为因子：

dataset$N <- as.factor(dat$N)
dataset$P <- as.factor(dat$P)
dataset$K <- as.factor(dat$K)
dataset$M <- as.factor(dat$M)

然后，我只是尝试执行功能并得到错误。 正如我已经提到的，当我尝试aov（）或lm（）时，一切都很好。

Answer 1

这是猜测，因为您的问题没有可重复的内容。 但是，如果我使用单变量响应，则可能会触发类似的错误： adonis用于多变量响应，可能不适用于单变量响应。 可以使用?adonis来读取adonis帮助页面，该页面显示公式的左侧应该是“相异对象（继承自类"dist" ）或数据框或矩阵。 当我尝试（但我确实无法重现您的示例）时，遵循此方法将有所as.matrix(Nitrososphaearaceae) ：您可以尝试使用as.matrix(Nitrososphaearaceae)或dist(Nitrososphaeraceae) lhs。

adonis函数实际上是针对多变量响应的，使用单变量响应需要注意。 您还应该仔细考虑与此类模型一起使用的相异类型（或距离）。 例如，上面的两个选择将给出不同的结果，因为它们使用了不同的差异度量。 我完全不确定使用具有单变量响应的基于距离的方法（如adonis有意义。