R 素食主义者：permanova (adonis2) 的调整 p 值

Question

我正在使用 adonis2 对大距离矩阵进行方差分析，如下所述： https：//www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/topics/adonis

该方法经常用于微生物组分析以计算 β 多样性。 这也是我想做的，即找出我的社区组成是否因响应环境变量而不同（连续）Permanova 返回一个 p 值并且还没有“官方”事后测试。 这就是我的问题所在：

我看到一些出版物说他们使用 FDR/BH 方法调整了他们的 permanova 结果。 我无法解决这个问题。 我相信我了解 FDR 校正是如何计算的，我只是不知道如何为 PERMANOVA 完成，或者更不知道我将如何对其进行编码。

有人可以帮我从这里出去吗？

Answer 1

如果您提供所谓的发布示例会更清楚。 你是对的，对于每个变量，permanova 返回 1 个 p 值。 但是，如果 model 包含许多变量，则每个变量都有 1 个 p 值，您需要针对 FDR 进行校正。

例如，在这篇研究肠道微生物组变化的出版物中，他们写道：

为了计算我们收集的每个宿主因素解释的变异，我们进行了在 QIIME 中实施的 Adonis 测试。 每个宿主因子根据其解释率计算，P 值基于 1,000 次排列生成。 然后使用 Benjamini–Hochberg 方法调整所有 P 值。

您还可以在表 S2 中看到这样的示例，我在此处附上了屏幕截图：