预期寿命生存包R

Question

我想通过校正模型中的其他变量（校正后的组预测方法）来计算由于疾病导致的寿命损失。 我的数据集是一组个体，我有随访的时间直到死亡/被审查，以及是否死亡的变量以及年龄，性别和疾病患病率的协变量。 我在网上搜索后，得到的印象是R中的生存包应该可以实现。

我使用以下代码返回概率：

fit1 <- coxph(Surv(fup_death, death) ~  age + sex + prev_disease, data) 

direct <- survexp( ~prev_disease, data=data, ratetable=fit1)

我还尝试了survfit功能，但随后计算机崩溃了：

t<-survfit(fit1, newdata = data)

在患有疾病和没有疾病的人中，我如何才能获得预期寿命？ 还是我应该另辟do径？

预先谢谢您！

最好，西蒙

Answer 1

丧失生命年的计算方法是平均生存时间之差。 您可以为两个单独但可比较的条件获取survfit对象，如下所示：

fit1 <- coxph(Surv(fup_death, death) ~  age + sex + prev_disease, data) 
survfit_WithDisease <- survfit(fit1,
                             newdata=data.frame(age=50,
                                                sex='m',
                                                prev_disease=TRUE))
survfit_NoDisease <- survfit(fit1,
                             newdata=data.frame(age=50,
                                                sex='m',
                                                prev_disease=FALSE))

并通过设置print.rmean=TRUE可以获取每种条件的平均生存期估计值。

print(survfit_WithDisease,print.rmean=TRUE)
print(survfit_NoDisease,print.rmean=TRUE)

请注意，并未为每个生存曲线定义均值。 当生存曲线未完全变为零时，有几种计算平均生存的选项，您应该在?print.survfit阅读。