預期壽命生存包R

Question

我想通過校正模型中的其他變量（校正后的組預測方法）來計算由於疾病導致的壽命損失。 我的數據集是一組個體，我有隨訪的時間直到死亡/被審查，以及是否死亡的變量以及年齡，性別和疾病患病率的協變量。 我在網上搜索后，得到的印象是R中的生存包應該可以實現。

我使用以下代碼返回概率：

fit1 <- coxph(Surv(fup_death, death) ~  age + sex + prev_disease, data) 

direct <- survexp( ~prev_disease, data=data, ratetable=fit1)

我還嘗試了survfit功能，但隨后計算機崩潰了：

t<-survfit(fit1, newdata = data)

在患有疾病和沒有疾病的人中，我如何才能獲得預期壽命？ 還是我應該另辟do徑？

預先謝謝您！

最好，西蒙

Answer 1

喪失生命年的計算方法是平均生存時間之差。 您可以為兩個單獨但可比較的條件獲取survfit對象，如下所示：

fit1 <- coxph(Surv(fup_death, death) ~  age + sex + prev_disease, data) 
survfit_WithDisease <- survfit(fit1,
                             newdata=data.frame(age=50,
                                                sex='m',
                                                prev_disease=TRUE))
survfit_NoDisease <- survfit(fit1,
                             newdata=data.frame(age=50,
                                                sex='m',
                                                prev_disease=FALSE))

並通過設置print.rmean=TRUE可以獲取每種條件的平均生存期估計值。

print(survfit_WithDisease,print.rmean=TRUE)
print(survfit_NoDisease,print.rmean=TRUE)

請注意，並未為每個生存曲線定義均值。 當生存曲線未完全變為零時，有幾種計算平均生存的選項，您應該在?print.survfit閱讀。