-bash：脚本中意外令牌“完成”附近的语法错误

Question

我很抱歉发布这个，但这让我发疯。 我是一个非常新的打击脚本，我真的很挣扎。 我有以下格式8_S58_L001.sorted.bam的文件，我想从许多文件中取第一个数字（在这种情况下为8）并生成一个csv文件。 这将给出下游功能处理样品的顺序。 该脚本如下，它的工作原理，但是每次运行它时都会出现错误（-bash：语法错误接近意外令牌'完成'）并且很难理解原因。 到目前为止，我花了两天的时间试图找到它的底部，并通过各种论坛进行了广泛的搜索。

do
test=$(ls -LR | grep .bam$| sed 's/_.*//'| awk '{print}' ORS=',' | sed 's/*$//')
echo $test>../SampleOrder/fileOrder2.csv
done

如果我跑

test=$(ls -LR | grep .bam$| sed 's/_.*//'| awk '{print}' ORS=',' | sed 's/*$//')
echo $test>../SampleOrder/fileOrder2.csv

然后我得到所需的输出，没有错误，但如果它被包含在一个do语句中我得到上述错误。 我希望将其合并到一个更大的脚本中，所以我想首先处理这个错误。

我应该说这是在基于Linux的集群上运行。

有经验的人可以告诉我哪里出错了。

提前致谢

山姆

Answer 1

bash没有do语句，当它是命令中的第一个单词时， done是一个保留字。

所以

do
  something
  something
done

do是语法错误。 do仅在for和while循环的上下文中有用，它用于将条件与循环体分开。

既然你汇报的语法错误done ，而不是在do ，我的猜测是，你已经让Windows行结束蔓延到您的文件。 Bash不会将\\r （ CR ）字符视为特殊字符，因此如果您的文件实际包含do\\r ，那么它将被视为外部命令的名称。

Answer 2

你应该知道grep .bam$没有做你期望它做的事情。 点是一个grep通配符，匹配任何单个字符，因此模式.bam$将匹配任何以“bam”结尾的4个或更多字符的字符串。 如果您尝试匹配以“.bam”结尾的所有字符串，则应该转义该点并写入grep "\\.bam$"

但正如之前的一位评论者所说，你应该使用shell通配符（ ls *.bam ）而不是grep（ ls | grep .bam$ ）