knitr with bash：更改工作目录

Question

我正在使用knitr为一些bash命令制作降价报告。 但是，我的操作包括更改目录和在那里创建文件，所以如果我可以在我的.Rmd文件中使用cd ，那将是理想的：

make a directory
```{r mkdir, engine='bash'}
mkdir mytest
```
cd into directory
```{r cd, engine='bash'}
cd mytest
```
create file
```{r create, engine='bash'}
touch myfile
```
check contents
```{r ls, engine='bash'}
ls
```

但是，文件myfile是在我用knit而不是mytest编译文档的目录中创建的。 我想为每个代码块启动一个新的bash shell。

我已经看过关于在R（ https://github.com/yihui/knitr/issues/277 ）中设置cwd讨论，但不是关于bash的讨论。

有没有办法为代码块设置工作目录？

Answer 1

您可以使用Rscript运行.Rmd文件并在命令行中包含任何“R代码”以保持代码块完好无损。

Rscript -e "library(knitr); opts_knit\\$set(root.dir='~'); knit('test.Rmd')"是一个示例bash命令，用于运行下面的test.Rmd文件。 您可以更改root.dir以满足您的需求。

make directories
```{r mkdir, engine='bash'}
mkdir mytest
mkdir mytest2
```

create one file in the 1st dir
```{r create, engine='bash'}
cd mytest
touch myfile
```

create another file in the 2nd dir
```{r create2, engine='bash'}
cd mytest2
touch myfile2
```

check contents
```{r ls, engine='bash'}
ls mytest*
```

输出：

```
## mytest:
## myfile
##
## mytest2:
## myfile2
```

Answer 2

查看它的另一种方法是从你所在的位置创建每个文件夹和文件，而不是使用cd。

创建目录树

mkdir接受多个参数

mkdir -p 'plots/scatter' 'plots/box'
# creates plots folder in the working directory,
# and then creates scatter and box folders in it.

在那里创建文件

touch 'plots/scatter/firstfile.txt' 'plots/scatter/secondfile.txt'
# single quotes mean literals

将关键部分保留为变量

要从一个中心变量轻松更改文件夹结构：

scatter_folder=plots/scatter
touch "$scatter_folder/third_file.txt" "$scatter_folder/fourth_file.txt"
# double quotes allow for variable substitution.