Graph-Tool GraphView对象

Question

我有一个使用graph-tool的GraphView()生成的过滤图。

g = gt.GraphView(g, vfilt= label_largest_component(g, directed=False))

原始图g具有10,069个顶点，而所得图具有9,197个顶点。 但是，使用新的（过滤后的）图，当我使用indeg = g.degree_property_map("in")列出in-degrees时， list(indeg.a)的元素总数仍为10,069。 当绘制具有9,197个节点的新的经过过滤的图时，这变得有问题，其中顶点大小被设置为indeg的函数， indeg主要是因为元素数量不匹配。

代码段如下所示

g = load_graph("ppnet.xml")
g = GraphView(g, vfilt=label_largest_component(g, directed=False))
indeg = g.degree_property_map("in")
indeg.a = np.sqrt(indeg.a) + 2
graph_draw(g, vertex_size = indeg, vertex_fill_color=indeg, pos = sfdp_layout(g),
    vcmap=plt.cm.gist_heat, output_size=(400, 400), output="gc.png")

运行时会给出以下ValueError

ValueError: operands could not be broadcast together with shapes (10069,) (9197,) 

为GraphView对象添加预期样式的正确方法是什么？

Answer 1

找到了解决方案。 我首先创建了GraphView对象的副本 ，然后清除了此副本的顶点。 注意，为了保持清晰，我引入了一个新的变量gc ，而不是保留变量名g 。

g = load_graph("ppnet.xml")
gc = GraphView(g, vfilt=label_largest_component(g, directed=False)).copy()
gc.purge_vertices()
indeg = gc.degree_property_map("in")
indeg.a = np.sqrt(indeg.a)+2
graph_draw(gc, vertex_size = indeg, vertex_fill_color=indeg, pos = sfdp_layout(gc),
    vcmap=plt.cm.gist_heat, output_size=(400, 400), output="gc.png")