计算R中的运行窗口Spearman相关性和p值

Question

我希望在R中计算一个正在运行的窗口Spearman相关性。到目前为止，我一直在使用gtools包中的running ，但是我只能从中获取Pearson相关性。 我试图修改fun参数，但除了错误外无法使其产生任何结果。

我的输入是一个data.frame：

row.names   Small   Large
1   1   97.80341    88.71192
2   2   97.46807    87.96206
3   3   97.18862    88.13904
4   4   97.76615    87.67329
5   5   97.09081    87.52425
6   6   97.16067    87.85493
7   7   97.73820    88.43712

等等。这是我尝试操作的基本运行命令：

corr_table <- running (mytable$Large, mytable$Small,fun=cor, width=20, by=10, allow.fewer=FALSE, pad=FALSE, align="left")

我的第二个问题是如何添加每个“窗口”的pvalue？

谢谢！

Answer 1

OK找到了两个问题的解决方案：

corr_table <- running (mytable$Large, mytable$Small,fun=cor.test, method="spearman", width=60, by=30, allow.fewer=FALSE, pad=FALSE, align="left")
newlist <- t(corr_table)
newlist <- as.matrix (newlist)
y <- newlist[,4]
x <- seq(from=1, to=92) #change the "to" according to number of values in Y
pvalue <- newlist[,3]
plot(x,y, xlim=c(1,92),ylim=c(-1,1), col=ifelse(pvalue < 0.05, "red", "black")) #change the "xlim" according to number of values in Y