在 R 中使用 depmixS4 使用拟合模型评估序列
[英]Evaluating sequence with a fitted model using depmixS4 in R
问题描述
如果我使用depmixS4包拟合了带有depmix()和fit()的模型mf ，并且我想知道生成给定序列s对数似然，我该怎么做？
我知道在HiddenMarkov包中我可以使用HiddenMarkov forwardback(s, mf$Pi, mf$...)$LL来获取对数似然，但是我发现depmixS4中的depmixS4 forwardbackward()函数不能类似地工作。
1 个解决方案
解决方案1
3 2015-06-24 09:28:13
终于我自己找到了方法，因为第一次使用 S4 ......
首先使用depmix()初始化模型（depmix obj），然后使用setpars()使用拟合mf参数更新它。 之后forwardbackward()将起作用
init_mod <- depmix(respones, data, nstates) ## no solid value
mod <- setpars(init_mod, getpars(fm))
forwardbackward(mod)
任何人都知道更好的解决方案请告诉我...
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