[英]Convert Pajek file to CSV in R Shiny
有谁知道如何闪亮地读取pajek文件,然后找到每个顶点的度并将其以降序输出到CSV文件? 我不确定如何从读取图的filedata()方法中获取文件,然后获取pajek文件的度数,然后将其输出到CSV文件中,其中度数最高的是底部,最低的是。
这是我要导入的Pajek文件,并将度导出为CSV。
在R中,我知道通常如何这样编码:
#read the pajek file in igraph
reponetwork <- read.graph("network.net", format = "pajek")
#Inspect the data:
degree(reponetwork)
sort(degree(reponetwork), decreasing = TRUE)
但是我不确定如何在Shiny中执行此操作:
到目前为止,这是我所做的:
用户界面
shinyUI(fluidPage(
titlePanel("Finding most influential vertex in a network"),
sidebarLayout(
sidebarPanel(
fileInput("graph", label = h4("Pajek file")),
downloadButton('downloadData', 'Download')
),
mainPanel( tabsetPanel(type = "tabs",
tabPanel("Table", tableOutput("view"))
)
)
)
))
服务器
library(igraph)
options(shiny.maxRequestSize=100*1024^2)
shinyServer(
function(input, output) {
filedata <- reactive({
inFile = input$graph
if (!is.null(inFile))
data <- read.graph(file=inFile$datapath, format="pajek")
return(data)
})
#get the pajek file, get the degree from it using degree(),
#display the output(only degree with respect to vertex ids) in the view tab panel
output$view <- renderTable({
if(is.null(filedata())) {
return()
}
df <- filedata()
vorder <-sort(degree(df), decreasing=TRUE)
DF <- data.frame(ID=as.numeric(V(df)[vorder]), degree=degree(df)[vorder])
})
output$downloadData <- downloadHandler(
filename = function() {
paste(input$graph, '.csv', sep='')
},
# Not sure how to write to csv file
content = function(file) {
write.csv(DF, file)
}
)
})
并且所需的CSV文件列应具有:1.顶点ID 2.该顶点的度
我不知道您尝试了什么或什么对您没有用,但这应该可以做到:
g <-read.graph(file=inFile$datapath, format='pajek')
vorder <- order(degree(g), decreasing=TRUE)
DF <- data.frame(ID=as.numeric(V(g)[vorder]), degree=degree(g)[vorder])
write.csv(DF, file='foo.txt')
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