使用ggplot2向绘图添加点

Question

这是我的数据集的前9行（共54列）和前8列（共1003列）

 stream n rates     means          1         2         3         4
 1   Brooks 3   3.0 0.9629152 0.42707006 1.9353659 1.4333884 1.8566225
 2  Siouxon 3   3.0 0.5831929 0.90503736 0.2838483 0.2838483 1.0023212
 3 Speelyai 3   3.0 0.6199235 0.08554021 0.7359903 0.4841935 0.7359903
 4   Brooks 4   7.5 0.9722707 1.43338843 1.8566225 0.0000000 1.3242210
 5  Siouxon 4   7.5 0.5865031 0.50574543 0.5057454 0.2838483 0.4756304
 6 Speelyai 4   7.5 0.6118634 0.32252396 0.4343109 0.6653132 2.2294652
 7   Brooks 5  10.0 0.9637475 0.88984211 1.8566225 0.7741612 1.3242210
 8  Siouxon 5  10.0 0.5804420 0.47501800 0.7383634 0.5482181 0.6430847
 9 Speelyai 5  10.0 0.5959238 0.15079491 0.2615963 0.4738504 0.0000000

这是我使用在means列中找到的所有具有流名称Speelyai（18）的行的值制作的简单图表。

平均值列是通过取整行的平均值来计算的。 每列代表1个模拟。 因此，平均值列是1000个模拟的平均值。 我也想在图上绘制实际的模拟值。 我认为，不仅要绘制均值（用一条线），而且还要将“原始”数据（模拟）显示为点将是有益的。 我看到可以使用geom_point() ，但是不确定如何获取流名称为“ Speelyai”的任何行的所有点

谢谢

---

正如您所看到的，鉴于这些点是模拟或重新采样原始数据的结果，因此我认为这些比例有很大不同。 但是，如何以仍然保留视觉内容的方式在我的原始图像上叠加这些点呢？ 在此图像中，线条看起来几乎是平坦的，但是在我的原始图像中，我们可以看到它在很小的范围内波动很大。

Answer 1

我建议以长格式而不是宽格式重新格式化您的数据。 例如：

library("tidyr")
library("ggplot2")
my_data_tidy <- gather(my_data, column, value, -c(stream, n, rates, means))
ggplot(subset(my_data_tidy, stream == "Speelyai"), aes(rates, value)) +
  geom_point() +
  stat_summary(fun.y = "mean", geom = "line")

请注意，这还将根据您的数据重新计算均值。 如果您想使用现有手段，则可以执行以下操作：

ggplot(subset(my_data_tidy, stream == "Speelyai"), aes(rates, value)) +
  geom_point() + geom_line(aes(rates, means), data = subset(my_data, stream == "Speelyai"))

Answer 2

同意@NickKennedy的观点，将数据从宽到长重塑是一个好主意：

library(reshape)
x2<-melt(x,id=c("stream","n","rates"))
x2<-x2[which(x2$variable!="means"),] # this eliminates the entries for means

现在是时候重新计算均值了：

library(data.table)
setDT(x2)
setkey(x2,"stream")
means.sp<-x2["Speelyai",.(mean.stream=mean(value)),by=rates]

所以现在您可以绘制：

library(ggplot2)
p<-ggplot(means.sp,aes(rates,mean.stream))+geom_line()

正是您所拥有的，所以现在让我们添加几点：

p<-p+geom_point(data=x2[x2$stream=="Speelyai",],aes(rates,value))

请注意，在对geom_point的调用中，您需要特别声明data=因为您正在使用与在ggplot调用中指定的数据集不同的数据集。

==========编辑============

回答您的意见，并从答案@akrun借贷给了你这里 ，你将需要添加错误的计算，然后更改呼叫geom_point ：

df2 <- data.frame(stream=c('Brooks', 'Siouxon', 'Speelyai'), 
      value=c(0.944062036, 0.585852702, 0.583984402), stringsAsFactors=FALSE)
x2$error <- x2$value-df2$value[match(x2$stream, df2$stream)]    

然后将调用更改为geom_point ：

geom_point(data=x2[x2$stream=="Speelyai",],aes(rates,error))