Nest 模拟器：python 说“没有名为 nest 的模块”

Question

安装 Nest Neural Simulator 后，在尝试运行安装中提供的任何示例 python 文件时，我不断收到以下错误。 我试过重新安装 Nest、Python 和使用 Anaconda，但没有成功。

蟒蛇错误：

导入错误：没有名为 nest 的模块

建议？

Answer 1

在https://nest-simulator.org/documentation，您现在可以找到许多不同的安装说明，以及如何解决“ImportError: no module named nest”取决于您安装 NEST 的方式。

系统 Python

找不到nest python 模块的问题通常是，NEST 是为特定的 Python 版本安装的，您无法从另一个版本加载它。 因此，虽然许多操作系统仍然使用 Python 2.7，但您可能需要显式运行

$ python3
>>> import nest

此外，如果您安装了多个 Python 3.x 版本，则可能仍会为不同版本安装模块，并且您必须使用python3.6或python3.8等显式启动 python。

康达包

正如@nosratullah-mohammadi 已经提到的，如果您安装了 Conda 风格，使用预构建包是一个非常快速的解决方案。 不幸的是，他帖子中的链接已损坏； 这个应该可以工作，然后转到侧栏中的“安装”。

$ conda create --name nest -c conda-forge python3 nest-simulator
$ conda activate nest
$ python           # this should load the Python from the conda env
>>> import nest    # this loads nest which is installed explicitly for that Python

从源头

对于每次从源代码安装，请确保在构建 NEST之前安装 Python 和其他先决条件。 然后您可以创建临时构建目录（之后可以删除）并使用您需要的标志进行配置。

cd somewhere
mkdir nest-build
cd nest-build
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/install/path -Dwith-python=3 .../sources/of/nest-simulator

用适合您的设置的路径替换somewhere 、 /install/path和.../sources/of/nest-simulator 。 （例如，从源代码与 Conda 环境一起编译时，一个流行的选择是使用-CMAKE_INSTALL_PREFIX=$CONDA_PREFIX ，它将 NEST 直接安装到活动环境中。然而，NEST 绝不需要 Conda。）

根据需要添加更多-D...标志。 您在cmake -LA .../sources/of/nest-simulator看到的可能标志，如这里所指出的。 您可能对末尾的许多with-xyz感兴趣。 检查上述文档以了解详细信息。

检查Configuration Summary报告的路径和库是否有意义（您可能需要向上滚动一点才能看到）。 例如，它可能看起来像这样：

--------------------------------------------------------------------------------
NEST Configuration Summary
--------------------------------------------------------------------------------

[...]
Python bindings     : Yes (Python 3.6.8: /home/yourname/miniconda3/envs/nest/bin/python3)
       Includes     : /home/yourname/miniconda3/envs/nest/include/python3.6m
       Libraries    : /home/yourname/miniconda3/envs/nest/lib/libpython3.6m.so

Cython bindings     : Yes (Cython 0.27.3: /home/yourname/miniconda3/envs/nest/bin/cython)
[...]
--------------------------------------------------------------------------------

[...]
PyNEST will be installed to:
    /home/yourname/miniconda3/envs/nest/lib/python3.6/site-packages
--------------------------------------------------------------------------------

在此示例中，CMake 为我的 conda 环境中的 Python3.6 配置了所有内容。

如果您对您的设置感到满意并且所有找到的 Python 版本都匹配，请运行通常的

$ make     # optionally with -j$(nproc)
$ make install
$ make installcheck

如果一切顺利，您就大功告成了，可以删除构建目录以释放空间。 恭喜！ 此外，如果事情变得过于混乱并且它似乎没有按照您的预期执行，有时删除构建目录并从干净开始是很有用的。

Answer 2

有一种新的安装方法添加到其他方法中，即使用 conda 包安装 nest 并且它处于 beta 版本。 但它有效，而且非常简单。 你可以从这里找到安装！ 只需在安装 mini conda 包后运行您的终端并输入：

conda create --name ENVNAME -c conda-forge nest-simulator python

然后输入：

conda activate ENVNAME

一切顺利！

Answer 3

原来我需要将安装 nest 的目录（用户/名称/opt/nest）移动到 anaconda 中以下目录中的 nest 文件夹中。 具体来说，我移动了文件夹的内容（从巢安装）：

/Users/name/opt/nest/lib/python2.7/site-packages/nest

进入这个：

/anaconda/lib/python2.7/site-packages/nest

免责声明：我很可能会因为没有复制 Nest 安装的所有内容而遇到问题，但是这个小技巧现在正在帮助我运行示例文件。

Answer 4

NEST 现在通过提供自动设置相关系统变量的脚本来提供该问题和类似问题的解决方案：

如果您的操作系统未找到 nest 可执行文件或 Python 未找到 nest 模块，则您的路径变量可能未正确设置。 如果 Python 由于缺少或不兼容的库而无法加载嵌套模块，也可能是这种情况。 在这种情况下，请运行

 source </path/to/nest_install_dir>/bin/nest_vars.sh

设置必要的环境变量。 您可能希望在 .bashrc 文件中包含这一行，以便自动设置环境变量。

• https://nest-simulator.readthedocs.io/en/latest/installation/linux_install.html