如何在R中使用识别“树状图”类的水平树状图

Question

我正在使用identify探索R中树状图中的簇的特定特征。通过使用“ hclust”对象，Identify可以正常工作，但是我需要水平树状图而不是“ hclust”的水平树状图 。 我安装了dendextend软件包，该软件包通常应将识别功能扩展到类树状图对象和水平树状图（ http://rpackages.ianhowson.com/cran/dendextend/man/identify.dendrogram.html ）。 对于我的特定数据集，identify适用于垂直树状图（类树状图），但不适用于水平树状图。 我总是得到的错误是：

Error in rect.dendrogram(x, k = k, x = X$x, cluster = cluster[, k - 1],  : 
k must be between 2 and 10

请在此处找到一个可复制和简化的示例：

#Install packages
install.packages(c("TraMineR","dendextend"))
#Load packages
library(TraMineR)
library(dendextend)

#Create fake dataset (each row is a sequence of characters)
a <- c(rep('A',50), rep('B',50))
seqdf <- rbind(a=a, b=sample(a), c=sample(a), d=sample(a), e=sample(a), f=sample(a),g=sample(a),h=sample(a),
i=sample(a), j=rep('A',100),k=rep('B',100),l=sample(a)) 
colnames(seqdf)<- paste(rep('a',100),c(1:100),sep='') 

#Turn it into a sequence object 
seq_def <- seqdef(seqdf, 1:100, id = rownames(seqdf), xtstep = 4)

#Calculate the dissimilarity (hamming distance) between sequences 
hd <- seqdist(seq_def, method = "HAM", with.missing = TRUE)
rows<-list(rownames(seqdf),rownames(seqdf))
dimnames(hd) <- rows
#Perform Ward clustering on dissimilarity matrix hd
ward <- hclust(as.dist(hd), method = "ward.D2")     
#Dendrogram object
dend <- as.dendrogram(ward) 

#Horizontal dendrogram 
plot(dend, horiz=TRUE)
identify(dend, horiz=TRUE) # HERE IDENTIFY GIVES AN ERROR

#Vertical dendrogram
plot(dend)
identify(dend) # this works, there is no error

希望有人知道如何解决这个问题。

最好，

Answer 1

当您单击“过于靠近”屏幕边缘时，这是识别功能（例如， identify.hclust ）的一般行为。 如果您要跑步（并在树叶旁单击），可以看到以下内容：

plot(ward)
identify(ward, MAXCLUSTER = 12) 

我同意您的看法，这是一种令人讨厌的行为（因为我们并不总是能够完全单击想要的位置）。 因此，我在dendextend包中添加了一个新参数 （ stop_if_out ），对于stop_if_out ，现在默认将其设置为FALSE 。 这意味着当在树状图之外单击太多时，该功能将不再停止。 （适用于垂直和水平绘图）

将这个版本发布到CRAN可能要花一些时间，但是您可以使用devtools并运行以下命令轻松访问它：

install.packages.2 <- function (pkg) if (!require(pkg)) install.packages(pkg);
install.packages.2('devtools')
# make sure you have Rtools installed first! if not, then run:
#install.packages('installr'); install.Rtools()
devtools::install_github('talgalili/dendextend')

我希望这有帮助。