[英]Randomizing a matrix multiple times
我有一个数据,其中一些数据以矩阵A
表示
C1 C2 C3 C4
Gene A 3 5 7 4
Gene B 2 4 9 3
Gene C 1 6 8 5
我希望连续随机化该矩阵(例如10次),并将每个新的随机矩阵另存为R中的新对象。因此,我将A
随机化为A1
, A2
...... A10
,然后可以保存这些在我需要时检索A1
,... A10
。 我知道我可以通过使用A1 <- A[,sample(ncol(A))]
给我A1
来随机化A
行,它可能如下所示:
[1] [2] [3] [4]
Gene A 5 3 4 7
Gene B 9 4 3 2
Gene C 5 8 6 1
是否可以自动生成A的更多按行排列,而不是一次又一次手动输入该行代码? 谢谢!
我们可以使用replicate
来随机化matrix
“ n”次。 我们指定simplify=FALSE
以获得list
输出。
n <- 10
lst <- replicate(n, A[,sample(ncol(A))], simplify=FALSE)
names(lst) <- paste0('A', seq(n))
lst$A1
# C1 C2 C4 C3
#Gene A 3 5 4 7
#Gene B 2 4 3 9
#Gene C 1 6 5 8
如果我们是按行独立采样,如注释中提到的@Frank,则可以使用apply
与MARGIN=1
进行逐行sample
。 我们可以将输出的列名更改为原始矩阵的列名('A')。
lst <- replicate(n, t(apply(A,1,sample)) , simplify=FALSE)
names(lst) <- paste0('A', seq(n))
lst <- lapply(lst, function(x) {colnames(x) <- colnames(A); x})
lst$A1
# C1 C2 C3 C4
#Gene A 7 4 3 5
#Gene B 2 4 9 3
#Gene C 5 8 1 6
A <- structure(c(3L, 2L, 1L, 5L, 4L, 6L, 7L, 9L, 8L, 4L, 3L, 5L),
.Dim = 3:4, .Dimnames = list(
c("Gene A", "Gene B", "Gene C"), c("C1", "C2", "C3", "C4")))
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