Python for loop不是在一个脚本中运行，而是在另一个脚本中运行

Question

我有两个几乎相同的代码。 唯一的区别是一个代码使用argparse，因此可以从命令行运行它，如下所示：

parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument('directory', help = 'Main Directory of Files')
parser.add_argument('chip_num', help = 'Chip Number')
args = parser.parse_args()

path = args.directory
chip_num = args.chip_num

其他代码只是将path和chip_num定义为我写入脚本的变量。

我下面有以下代码遍历目录中的子文件夹（已编辑长度，但给出了主要图片）。

for root, dirs, files in os.walk(path):     
for d in dirs:
    if d.startswith('pass') or d.startswith('fail'):
        new_txt = 'Chip%s%s.txt' % (chip_num, d)
        path_new = os.path.join(results_dir, new_txt)

        tot_qscore = 0
        tot_reads = 0

        with open(path_new, 'w') as myfile:                
            myfile.write('File Name \t')
            ## writes other titles

        for rootfolder, blankdirs, fast5files in os.walk(d):        
            for filename in fast5files:
                if filename.endswith('.fast5'):
                    filepath = os.path.join(rootfolder, filename) 
                    with h5py.File(filepath, 'r') as hdf:                               
                        with open(path_new, 'a') as myfile:                                   
                            myfile.write('%s \t' % (filename))
                            ## gets other variables and prints it to the file
                            tot_qscore += qscore
                            tot_reads += 1

        avg_qscore = float(tot_qscore / tot_reads)

虽然代码可以在我编写变量的脚本中完美运行，但是可以与命令行一起使用的脚本可以运行脚本，但是以某种方式绕过了遍历“ d”目录的for循环（对于root文件夹， blankdirs，位于os.walk（d）中的fast5files），然后直接计算avg_qscore，因此出现了我被除以零的错误，因为tot_reads没有增加。

是否有任何原因跳过了for循环...是否受argparse影响？

Answer 1

因此，代码的问题在于，如果我的工作目录是我要使用的目录，则可以在Canopy下运行它，但是如果工作目录不同或在命令行中，则不能在Canopy下运行它。 我最终只是在代码中更改了工作目录。