安装 R Bioconductor package 时，'lib = "/usr/lib/R/library"' is not writable"

Question

每个人。 我正在尝试安装 Bioconductor package "cummeRbund" 并不断失败。 我尝试了启用 BiocInstaller 的biocLite("cummeRbund")命令、 install.packages("cummeRbund")及其具有指定库地址的变体。 结果总是

"Warning in install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, contriburl = contriburl,  :
  'lib = "/usr/lib/R/library"' is not writable"

和 r 一直让我使用个人目录。 我应该怎么做才能摆脱这个讨厌的问题（“cummeRbund”不是唯一一个一直无法安装的 package）？

我的规格：Ubuntu 14.04 LTS 64 位，R 3.2.2 版（2015-08-14）——“防火安全”，Bioconductor 3.02 版（BiocInstaller 1.2）

Answer 1

R 的默认库路径对于当前用户是不可写的，这并不少见。 这通常意味着 R 是由不同的用户安装的。 这本身不是问题。 只需将 R 配置为使用不同的库路径。

为此，请设置R_LIBS_USER环境变量。 要在 shell 会话中保留它，请在~/.profile或类似文件中设置值。

export R_LIBS_USER=/path/to/your/r-library

在另一个答案中有对此解决方案的详细说明。

另一种解决方案是分别为每个用户安装软件。 这在非共享系统上尤其有意义。 大多数包管理器支持为本地用户安装软件，无需超级用户权限。 特别是Homebrew默认情况下会这样做，并且强烈建议不要使用sudo来安装软件。

Answer 2

---

我在另一个操作系统上安装了 R 版本 3.3.0：没有“cummeRbund”安装问题。

使用$ svn co https://svn.r-project.org/R/trunk/ ( svn ver. 69583 ) 获得“3.3.0”。

---

r 腰带

Answer 3

---

»» R 一直让我使用个人目录。 我该怎么做才能摆脱这个讨厌的问题««

简单：当您想安装 R 包时，打开终端窗口并使用命令$ sudo R （而不是$ R ）。

---

R，版本 3.2.2 ：

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()

> biocLite(c("cummeRbund"))

参考 https://www.bioconductor.org/install/

获取包裹没有问题。 （不确定它是否可以安装：依赖问题。）

（我使用 Ubuntu 15.10 - 64。更简单：默认 R 是 3.2.2 版）。

---

r 腰带