无法读取CSV档案

Question

我是R的新手，但我有一个问题：我有一组csv文件，每个文件都有3个带有数字值的列。 我正在运行一组说明来创建类别，这些类别使我可以对齐每个文件的图形。 到目前为止，这是我的命令集：

myFiles<-dir("C:\\Data\\")
myDeadVols<-as.matrix(read.csv("C:\\Data\\Dead Volumes.csv", header=T, sep="|", row.names=1))

myDeadVolsVec <- as.numeric(myDeadVols[,"t2_min"])*60 + as.numeric(myDeadVols[,"t2_s"])

names(myDeadVolsVec) <- myDeadVols[,"fileName"]

sampAnot <- names(myDeadVolsVec)

names(sampAnot) <- sampAnot

polyRead <- function(fileNames=NULL, mySep="|"){

dataList <- list()

for(tmpName in fileNames){dataList[[tmpName]] <-as.matrix(read.table(tmpName, header=TRUE, sep=mySep))}
return(dataList)}

polyReadMaritza <- function(fileNames=NULL, mySep="|", file2void=NA, fracTime=35, dataPerFrac=173){

dataList <- list()
for(tmpName in fileNames){
tmpMat<-as.matrix(read.table(tmpName, header=FALSE, sep=mySep))
tmpVoidTime<-file2void[tmpName]
tmpVoidPoints<-tmpVoidTime/fracTime*dataPerFrac
tmpAdder<-matrix(ncol=3, nrow=as.integer(tmpVoidPoints), data=0)
tmpMat<-rbind(tmpAdder, tmpMat)
tmpEvent<-rep(0, dim(tmpMat)[1])
fractMoves<-c(1:length(tmpEvent))[which(c(1:length(tmpEvent))%%dataPerFrac==0)]
tmpEvent[fractMoves]<-1
tmpMat[,3]<-tmpEvent
dataList[[tmpName]] <- tmpMat
colnames(dataList[[tmpName]])<-c("Distance.mm.", "Absorbance", "Event")}
return(dataList)}

到目前为止，一切似乎还不错，但是当我尝试输入fllowin命令时：

myDataList <- polyReadMaritza(myFiles, mySep="\t", file2void=myDeadVolsVec)

我有这个错误：

file（file，“ rt”）中的错误：无法打开连接。 另外：警告消息：在文件（文件，“ rt”）中：无法打开文件'Beads.csv'：没有此类文件或目录

现在，“ Beads.csv”的路径为C：\\ Data \\ Beads.csv，所以我认为这是因为它没有读取“ Beads.csv”的完整路径（这是文件的第一个），但是我认为使用“ myFiles <-dir（“ C：\\ Data \\”）“，我已经指定了路径。 欢迎任何帮助

Answer 1

您实际上已经获得了所需目录中的文件列表。

fileDir = 'C:/Data'
myFiles = list.files(path=fileDir, pattern='*.csv')

然后，当您调用read.csv您必须使用以下命令为R提供完整的文件路径：

for(file in myFiles){
    read.csv(file.path(fileDir,file))
}

Answer 2

dir返回的值不包含路径。 dir “ full.names”的默认值为FALSE，因此，除非您的工作目录为“ c：// Data //”， read.csv调用不会在正确的位置查找。 尝试：

myFiles <- dir("C:\\Data\\", pattern= "[.]csv", full.names-TRUE)