[英]AWK script to check first line of a file and then print the rest
我正在尝试编写一个AWK脚本来解析表单的文件
> field1 - field2 field3 ...
lineoftext
anotherlineoftext
anotherlineoftext
我正在检查使用正则表达式,如果第一行是正确的(以>开头,然后有一些东西),然后打印所有其他行。 这是我写的脚本,但它只验证文件的格式是否正确,然后不打印任何内容。
#!/bin/bash
# FASTA parser
awk ' BEGIN { x = 0; }
{ if ($1 !~ />.*/ && x == 0)
{ print "Not a FASTA file"; exit; }
else { x = 1; next; }
print $0 }
END { print " - DONE - "; }'
基本上你可以使用以下awk命令:
awk 'NR==1 && /^>./ {p=1} p' file
在第一行NR==1
它检查行是否以>
后跟“something”( /^>./
) /^>./
。 如果该条件为真,则变量p
将设置为1。 最后的p
检查p
是否计算为true并在这种情况下打印行。
如果要打印错误消息,则需要稍微恢复逻辑:
awk 'NR==1 && !/^>./ {print "Not a FASTA file"; exit 1} 1' file
在这种情况下,如果第一行没有以>
开头,程序将打印错误消息并退出程序。 否则所有行都会被打印,因为1
总是计算为true。
从字面上看这个OP
awk 'NR==1{p=$0~/^>/}p' YourFile
# shorter version with info of @EdMorton
awk 'NR==1{p=/^>/}p' YourFile
for line>>(包括)
awk '!p{p=$0~/^>/}p' YourFile
# shorter version with info of @EdMorton
awk '!p{p=/^>/}p' YourFile
因为你关心的只是第一行,你可以检查一下,然后退出。
awk 'NR > 1 { exit (0) }
! /^>/ { print "Not a FASTA file" >"/dev/stderr"; exit (1) }' file
正如评论中所述, >"/dev/stderr"
是一个不可移植的hack,可能对你不起作用。 如果你想要一个符合标准Unix工具所期望的工具(如果没有问题则默默运行;报告标准错误的问题),将它视为稍微复杂的占位符。
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