文档中的Travis CI R包错误

Question

问候和致敬，

我最近连接了一个包含R包的github仓库给Travis CI。 我认为存储库可以很好地构建，但是，有几个检查错误出现，我无法在本地安装的Windows，OS X或Ubuntu 14.04 LTS上复制。

错误源自共享以下共同的功能：

1. 拥有使用@keyword内部编码的roxygen2帮助文档。
2. 是使用Rcpp / RcppArmadillo编写的。

具体来说，我从Travis CI收到以下警告：

在文档对象“内部函数此处”中使用的函数或方法，但不在代码中：

这不是特别成问题，因为它是一个警告。 前一篇文章使用@method和@export解决了此示例的不同形式。 但是，Rcpp函数不属于OO类（S3 / S4 / RR）。

但是，当Travis CI开始评估软件包的示例时，此警告将成为错误：

错误：找不到函数“这里的内部函数”

并导致构建失败。 但是，构建本身应该通过检查，因为函数确实存在。

Travis CI按以下方式使用建议的准则进行配置：

language: r
sudo: required
warnings_are_errors: true

r_packages:
 - ggplot2
 - devtools
 - RcppArmadillo
 - knitr
 - gridExtra
 - grid

r_build_args: "--no-build-vignettes"
r_check_args: "--no-build-vignettes --as-cran"

注意添加了--no-build-vignettes，因为Travis在构建它们时会出错，因为R代码调用了docs中列出的内部函数之一。

我相信这是最新的面向公众的建设： Travis CI报告（v1.0.1）

CRAN第一版的结果： CRAN报告（v1.0.0）

任何想法都会受到欢迎。

Answer 1

我可以复制笔记本电脑上的警告/错误（运行OS X）。 我也很确定如果你检查你的存储库，构建tar球然后运行R CMD检查，你将得到与Travis CI相同的警告/错误。 （我假设你只从R Studio中检查了你的包裹。）

据我所知，问题是您将R/RcppExports.R和src/RcppExports.cpp到.gitignore ，这意味着这些文件不在GitHub上。 Travis CI不会为您运行Rcpp::compileAttributes 。

有两个简单的解决方案：

1. 从.gitignore中删除R/RcppExports.R和src/RcppExports.cpp ，并将其与其他所有内容一起提交给GitHub。 这是有道理的，因为这些文件实际上是你的软件包的一部分，你不应该期望最终用户在安装软件包之前编译它们。 我认为这是解决这个问题的正确方法。
2. 在构建包之前，在travis.yml中添加一行以运行Rcpp :: compileAttributes，例如Rscript -e "Rcpp::compileAttributes()" 。