文檔中的Travis CI R包錯誤

Question

問候和致敬，

我最近連接了一個包含R包的github倉庫給Travis CI。 我認為存儲庫可以很好地構建，但是，有幾個檢查錯誤出現，我無法在本地安裝的Windows，OS X或Ubuntu 14.04 LTS上復制。

錯誤源自共享以下共同的功能：

1. 擁有使用@keyword內部編碼的roxygen2幫助文檔。
2. 是使用Rcpp / RcppArmadillo編寫的。

具體來說，我從Travis CI收到以下警告：

在文檔對象“內部函數此處”中使用的函數或方法，但不在代碼中：

這不是特別成問題，因為它是一個警告。 前一篇文章使用@method和@export解決了此示例的不同形式。 但是，Rcpp函數不屬於OO類（S3 / S4 / RR）。

但是，當Travis CI開始評估軟件包的示例時，此警告將成為錯誤：

錯誤：找不到函數“這里的內部函數”

並導致構建失敗。 但是，構建本身應該通過檢查，因為函數確實存在。

Travis CI按以下方式使用建議的准則進行配置：

language: r
sudo: required
warnings_are_errors: true

r_packages:
 - ggplot2
 - devtools
 - RcppArmadillo
 - knitr
 - gridExtra
 - grid

r_build_args: "--no-build-vignettes"
r_check_args: "--no-build-vignettes --as-cran"

注意添加了--no-build-vignettes，因為Travis在構建它們時會出錯，因為R代碼調用了docs中列出的內部函數之一。

我相信這是最新的面向公眾的建設： Travis CI報告（v1.0.1）

CRAN第一版的結果： CRAN報告（v1.0.0）

任何想法都會受到歡迎。

Answer 1

我可以復制筆記本電腦上的警告/錯誤（運行OS X）。 我也很確定如果你檢查你的存儲庫，構建tar球然后運行R CMD檢查，你將得到與Travis CI相同的警告/錯誤。 （我假設你只從R Studio中檢查了你的包裹。）

據我所知，問題是您將R/RcppExports.R和src/RcppExports.cpp到.gitignore ，這意味着這些文件不在GitHub上。 Travis CI不會為您運行Rcpp::compileAttributes 。

有兩個簡單的解決方案：

1. 從.gitignore中刪除R/RcppExports.R和src/RcppExports.cpp ，並將其與其他所有內容一起提交給GitHub。 這是有道理的，因為這些文件實際上是你的軟件包的一部分，你不應該期望最終用戶在安裝軟件包之前編譯它們。 我認為這是解決這個問題的正確方法。
2. 在構建包之前，在travis.yml中添加一行以運行Rcpp :: compileAttributes，例如Rscript -e "Rcpp::compileAttributes()" 。