使用python逐行解析hl7消息

Question

我想逐行从文件中读取我的 hl7 消息并使用 python 解析它们。 我能够阅读但我的问题在于解析。 它只解析文件的第一行并打印到第二行，但不会继续解析，因为它告诉我第二行不是 hl7。 显示的错误是

h=hl7.parse(line)
File "C:\Python27\lib\site-packages\hl7\parser.py", line 45, in parse
plan = create_parse_plan(strmsg, factory)
File "C:\Python27\lib\site-packages\hl7\parser.py", line 88, in create_parse_plan
assert strmsg[:3] in ('MSH')
AssertionError

对于代码：

with open('example.txt','r') as f:
    for line in f:
       print line
       print hl7.isfile(line)
       h=hl7.parse(line)

那么如何使我的文件成为有效文件。 这是 example.txt 文件

MSH|^~\&|AcmeMed|Lab|Main HIS|St.Micheals|20130408031655||ADT^A01|6306E85542000679F11EEA93EE38C18813E1C63CB09673815639B8AD55D6775|P|2.6|
EVN||20050622101634||||20110505110517|
PID|||231331||Garland^Tracy||19010201|F||EU|147 Yonge St.^^LA^CA^58818|||||||28-457-773|291-697-644|
NK1|1|Smith^Sabrina|Second Cousin|
NK1|2|Fitzgerald^Sabrina|Second Cousin|
NK1|3|WHITE^Tracy|Second Cousin|
OBX|||WT^WEIGHT||78|pounds|
OBX|||HT^HEIGHT||57|cm|

Answer 1

我遇到了类似的问题，并提出了适合我的解决方案。

简而言之，将所有行放入一个对象中，然后解析该对象。 （显然，您可以清理我检查对象是否已创建的方式，但我想要一个易于阅读的示例。）

a = 0
with open('example.txt','r') as f:
    for line in f:
       if a == 0:
           message = line
           a = 1
       else:
           message += line
h=hl7.parse(message)

现在您将不得不清理一些 \r\n ，具体取决于文件是如何为行尾值编码的。 但它将消息视为有效，您可以根据自己的喜好进行解析。

for line in h:
    print(line)

MSH|^~\&|AcmeMed|Lab|Main HIS|St.Micheals|20130408031655||ADT^A01|6306E85542000679F11EEA93EE38C18813E1C63CB09673815639B8AD55D6775|P|2.6|
EVN||20050622101634||||20110505110517|
PID|||231331||Garland^Tracy||19010201|F||EU|147 Yonge St.^^LA^CA^58818|||||||28-457-773|291-697-644|
NK1|1|Smith^Sabrina|Second Cousin|
NK1|2|Fitzgerald^Sabrina|Second Cousin|
NK1|3|WHITE^Tracy|Second Cousin|
OBX|||WT^WEIGHT||78|pounds|
OBX|||HT^HEIGHT||57|cm|

Answer 2

标记@jtweeder 答案，以下代码用于准备我的 HL7 数据。

在 notepad++ 中，我注意到每一行都以 LF 结尾，但没有 CR。 似乎这个 hl7 库需要 \r，而不是 \n。

filename = "TEST.dat"  
lines = open(filepath + filename, "r").readlines()  
h = '\r'.join(lines)