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[英]Python add new column values based on multiple conditions in another dataframe
[英]python - New column based on comparison with another dataframe
我有两个数据框。 我想根据与另一列的比较在其中创建一个新列。
我是Python的新手,但这是我在R中的解决方案,它虽然有效,但又恐怖又缓慢。 我想找到一种更快的方法,并且我一直在拼命尝试学习使用pandas
因为这似乎是一种好方法。
映射文件(约有80万行)
Name Chr Position
S1 1 3000
S2 1 6000
S3 1 1000
Armsfile(具有39行)
Chr Arm Start End
1 p 0 5000
1 q 5001 10000
R脚本:
for (line in 1:nrow(mapfile)){
mapfile$Arm[line] <- Armsfile$Arm[mapfile$Chr[line] == Armsfile$Chr & mapfile$Position[line] > Armsfile$Start & mapfile$Position[line] < Armsfile$End]
}
输出表:
Name Chr Position Arm
S1 1 3000 p
S2 1 6000 q
S3 1 1000 p
换句话说:我希望每行查找位置(1)找到正确的Chr
,2)找到START < POSITION < END
)所在的行,然后获取ARM
信息并将其放在新列中。
我尝试只为Python重新格式化R脚本,但语法不正确。 我也尝试对pandas
使用merge
,但是找不到进行数学比较的方法。
为了完整起见,以下是我刚才提到的错误尝试:
for line in 1:mapfile.shape[0]:
mapfile$Arm[line] = Armsfile$Arm[ mapfile$Chr[line] == Armsfile$Chr && mapfile$Position[line] > Armsfile$Start && mapfile$Position[line] < Armsfile$End]
和
df = pd.merge(mapfile, Armsfile, on=['Chr', mapfile.Position > Armsfile.Start, mapfile.Position < Armsfile.End])
编辑:另一种可能的思考方式
我一直在研究R中的另一种可能性,也许可以将其翻译成Python。 这是R代码:
mapfile <- data.frame(Name = c("S1", "S2", "S3"), Chr = 1, Position = c(3000, 6000, 1000), key = "Chr")
Chr.Arms <- data.frame(Chr = 1, Arm = c("p", "q"), Start = c(0, 5001), End = c(5000, 10000), key = "Chr")
mapfile$Arm <- c("N")
> mapfile
Name Chr Position Arm
1: S1 1 3000 N
2: S2 1 6000 N
3: S3 1 1000 N
for(i in 1:nrow(Chr.Arms)){
cur.row <- Chr.Arms[i,]
mapfile$Arm[mapfile$Chr == cur.row$Chr & mapfile$Position >= cur.row$Start & mapfile$Position <= cur.row$End] <- Chr.Arms$Arm
}
> mapfile
Name Chr Position Arm
1: S1 1 3000 p
2: S2 1 6000 p
3: S3 1 1000 q
但是,同样地,对于如此大的数据,我希望能够在Python中执行类似的操作。 我尚未找到解决方案。
由于您有80万行数据,因此我不知道这样做有多理想,但是您可以:
loc
过滤合并的dataframe
? df = Mapfile.merge(Armsfile)
df.loc[(df['Position'] > df['Start']) & (df['Position'] <= df['End'])].drop(['Start', 'End'], axis=1)
注意:我不确定如何处理Armsfile
Chr
因为在您的示例中Mapfile
和Armsfile
Chr
均为1。
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