[英]Networkx Multigraph from_pandas_dataframe
更新:
所写的问题与Networkx版本<2.0有关。 from_pandas_dataframe
方法已删除 。
要在Networkx> = 2.0中完成相同的任务,请参见已接受答案的更新。
尝试使用networkx的from_pandas_dataframe
从pandas DataFrame创建MultiGraph()
实例。 在下面的示例中我在做什么错?
In [1]: import pandas as pd
import networkx as nx
df = pd.DataFrame([['geneA', 'geneB', 0.05, 'method1'],
['geneA', 'geneC', 0.45, 'method1'],
['geneA', 'geneD', 0.35, 'method1'],
['geneA', 'geneB', 0.45, 'method2']],
columns = ['gene1','gene2','conf','type'])
首先尝试使用默认的nx.Graph():
In [2]: G= nx.from_pandas_dataframe(df, 'gene1', 'gene2', edge_attr=['conf','type'],
create_using=nx.Graph())
作为非MultiGraph(),我缺少重复的边缘之一:
In [3]: G.edges(data=True)
Out[3]: [('geneA', 'geneB', {'conf': 0.45, 'type': 'method2'}),
('geneA', 'geneC', {'conf': 0.45, 'type': 'method1'}),
('geneA', 'geneD', {'conf': 0.35, 'type': 'method1'})]
使用MultiGraph()
:
In [4]: MG= nx.from_pandas_dataframe(df, 'gene1', 'gene2', edge_attr=['conf','type'],
create_using=nx.MultiGraph())
这个:
TypeError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-49-d2c7b8312ea7> in <module>()
----> 1 MG= nx.from_pandas_dataframe(df, 'gene1', 'gene2', ['conf','type'], create_using=nx.MultiGraph())
/usr/lib/python2.7/site-packages/networkx-1.10-py2.7.egg/networkx/convert_matrix.pyc in from_pandas_dataframe(df, source, target, edge_attr, create_using)
209 # Iteration on values returns the rows as Numpy arrays
210 for row in df.values:
--> 211 g.add_edge(row[src_i], row[tar_i], {i:row[j] for i, j in edge_i})
212
213 # If no column names are given, then just return the edges.
/usr/lib/python2.7/site-packages/networkx-1.10-py2.7.egg/networkx/classes/multigraph.pyc in add_edge(self, u, v, key, attr_dict, **attr)
340 datadict.update(attr_dict)
341 keydict = self.edge_key_dict_factory()
--> 342 keydict[key] = datadict
343 self.adj[u][v] = keydict
344 self.adj[v][u] = keydict
TypeError: unhashable type: 'dict'
问题如何从熊猫数据帧实例化MultiGraph()
?
Networkx <2.0:
这是一个错误,完成建议的编辑后 ,我在GitHub上打开了一个问题:
它将convert_matrix.py
第211行更改为:
g.add_edge(row[src_i], row[tar_i], attr_dict={i:row[j] for i, j in edge_i})
更改的结果:( 此后已合并)
MG= nx.from_pandas_dataframe(df, 'gene1', 'gene2', edge_attr=['conf','type'],
create_using=nx.MultiGraph())
MG.edges(data=True)
[('geneA', 'geneB', {'conf': 0.05, 'type': 'method1'}),
('geneA', 'geneB', {'conf': 0.45, 'type': 'method2'}),
('geneA', 'geneC', {'conf': 0.45, 'type': 'method1'}),
('geneA', 'geneD', {'conf': 0.35, 'type': 'method1'})]
Networkx> = 2.0:
在具有这种格式的数据框(边缘列表)中,使用from_pandas_edgelist
MG= nx.from_pandas_edgelist(df, 'gene1', 'gene2', edge_attr=['conf','type'],
create_using=nx.MultiGraph())
MG.edges(data=True)
MultiEdgeDataView([('geneA', 'geneB', {'conf': 0.05, 'type': 'method1'}),
('geneA', 'geneB', {'conf': 0.45, 'type': 'method2'}),
('geneA', 'geneC', {'conf': 0.45, 'type': 'method1'}),
('geneA', 'geneD', {'conf': 0.35, 'type': 'method1'})])
这是一个很好的问题。 我尝试仅使用三列/四列,并以不同的方式重现您在构建MultiGraph()
时遇到的问题:
MG = nx.MultiGraph()
MG.add_weighted_edges_from([tuple(d) for d in df[['gene1','gene2','conf']].values])
这正确返回为MG.edges(data=True)
:
[('geneA', 'geneB', {'weight': 0.05}), ('geneA', 'geneB', {'weight': 0.45}), ('geneA', 'geneC', {'weight': 0.45}), ('geneA', 'geneD', {'weight': 0.35})]
我也尝试了只使用三列的from_pandas_dataframe
方法,但是它不起作用:
MG = nx.from_pandas_dataframe(df, 'gene1', 'gene2', edge_attr='conf', create_using=nx.MultiGraph())
这将返回您遇到的相同错误。 我不知道这是一个错误还是该方法不支持MultiGraph()
多个权重类型。 同时,您可以使用以上解决方法来构建MultiGraph,至少仅使用一种权重类型即可。 希望能有所帮助。
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