如何在Python中扩展ITK类？

Question

SimpleITK提供易于使用的Python界面。 我可以从那里继续上课吗？

我需要解决一个注册问题，这需要我编写自定义的注册类，尤其是相似性度量。 如何使用Python扩展SimpleITK以供使用？

Answer 1

SimpleElastix软件包是SimpleITK的扩展，除了标准的SimpleITK方法外，还包括elastix注册库。 您可以使用elastix编写指标，并使用SimpleElastix将指标包装在Python（或SimpleITK支持的任何其他语言）中。 然后，您将使用SimpleElastix执行注册。 要在SimpleElastix中使用可能的指标：

import SimpleITK as sitk

SimpleElastix = sitk.SimpleElastix()
SimpleElastix.SetParameter("Metric", "NameOfYourMetric")
SimpleElastix.SetFixedImage(sitk.ReadImage("fixedImage.nii"))
SimpleElastix.SetMovingImage(sitk.ReadImage("movingImage.nii"))
resultImage = SimpleElastix.Execute()

Elastix本身是ITK v3注册库的扩展，因此，如果您对ITK感到满意，那么elastix代码库对您就不会陌生。 您可以通过查看src / Components / Metrics目录中的示例来了解如何实现指标 。 例如，看看AdvancedMeanSqaures指标。 基本上，您只需要修改以itk为前缀的文件中的GetValue()和GetValueAndDerivative()函数即可实现指标。 然后，如果要通过参数映射和CMakeLists文件将参数传递到度量标准以在构建系统中注册度量标准，则需要修改以elx开头的文件。 参数映射是键值对，允许您配置注册组件（包括指标）。 您可以在SimpleElastix文档或elastix手册中阅读有关参数映射的更多信息。

要使用SimpleElastix包装度量标准，请克隆存储库，并按照指南手动构建SimpleElastix，除非您将ELASTIX_DIR设置为修改后的elastix版本。 elastix构建系统将负责将指标包装在elastix中，而SimpleElastix构建系统将负责将elastix包装在python中。

免责声明：我是SimpleElastix的作者。

Answer 2

用于Python的包装后的SimpleITK接口不提供扩展或派生的接口。 SimpleITK ImageRegistrationMethods的选项是可用的选项。

最好使用C ++级别的ITK来派生类和调整算法。

您也许可以将一些注册框架与SimpleITK和Python的组件放在一起。 例如，您可以将SimpleITK中的ResampleImageFilter和Transform类与scipy优化器和自定义指标一起使用。