我如何在Python中使用ITK类

Question

我在CPP中使用ITK编写了一个类，它读取目录中的所有文件然后对它们进行平均。 我想在使用Python构建的管道中使用此类。

我之前曾尝试使用Swig来包装模板代码，但根据swig文档 ，它没有模板支持，并且需要明确指定类型名称。 但是当我在Python中使用ITK时 ，界面与我对Swig生成的模板代码的期望非常不同（类型名称根本没有在函数/类名中指定，这与Swig文档所说的相反）。

我的代码中的一个小片段说明了该类的用法如下所示：

typedef unsigned char PixelType;
typedef itk::Image<PixelType, 2> ImageType;
typedef itk::NaryMeanImageFilter< ImageType, ImageType > FilterType; // custom class
typedef itk::ImageFileReader<ImageType> ReaderType;
typedef itk::ImageFileWriter<ImageType> WriterType;

ImageType::Pointer image = ImageType::New();
ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();
WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
FilterType::Pointer filter = FilterType::New(); // custom class

for (unsigned int i = 0; i< fileNames.size(); ++i)
{
  reader->SetFileName(fileNames[i]);
  filter->SetInput(i, reader->GetOutput()); // custom class
}

writer->SetFileName(outName);
writer->SetInput(filter->GetOutput());
writer->Update();

可以在Git存储库中看到该类的代码。 我没有使用Boost :: Python增加项目依赖性的问题，但我需要一个起点继续。 任何帮助将非常感激。

谢谢。

更新：

Python中的预期用法是，

readerType=itk.ImageFileReader[inputImageType]
reader=readerType.New()
filterType=itk.NaryMeanImageFilter[inputImageType,inputImageType]
filter=filterType.New()

for i in range(0, fileNames.size()):
    reader.SetFileName(fileNames[i])
    filter.SetInput(i, reader->GetOutput())

Answer 1

主要思想是使用WrapITK模块。 它基本上使用内部ITK包装和解析机制（使用GCCXML进行C ++到XML解析 - 将来移动到CastXML）来生成SWIG用来生成Python包装代码的* .i文件。

基本理念：

• 假设您有一个想要在Python脚本中使用的ITK过滤器'itkDummy.h'
• 写一个文件'itkDummy.wrap'，提供有关像素类型和模板初始化的信息。
• 使用WrapITK模块（与ITK Python绑定一起） - 需要进行验证，因为每次我尝试这个时，都会出现错误
• 很高兴itkDummy可以从Python调用

参考： http ： //www.itk.org/Wiki/ITK/Release_4/Wrapping/BuildProcess

这就是我想要的。

Answer 2

在Itk软件指南卷。 1（ http://itk.org/ITKSoftwareGuide/html/Book1/ITKSoftwareGuide-Book1ch3.html#x34-410003.7 ）他们解释说他们正在使用自己的包装：

1. gccxml，从C ++程序生成xml文件
2. 一个名为igenerator.py的脚本，它为swig生成.i文件
3. 痛饮

我以前从来没有这样做过，但你可以尝试通过他们的包装管道来查看生成的* .i文件是什么样的（或者甚至可能包括你的本地ITK存储​​库中的过滤器，看看包装是否自动运行）