使用雀跃读取R中的newick格式系统发育史

Question

我希望使用独立的对比进行比较分析，我相信这可以在猿中完成。 我有一个newick格式的猫科动物系统发育，当我尝试读取文件时，出现以下错误：

phy <-read.tree（“ phylogeny.txt”）if（sum（obj [[i]] $ edge [，1] == ROOT）== 1 && dim（obj [[i]] $ edge）错误[1]>：缺少值，需要TRUE / FALSE

谁能很好地向我解释此错误的含义？

亲切的问候，K.

编辑，newick字符串发布在下面：

（（（（Tiger_108，Snow leopard_024），（Jaguar_026，（Lion_127，Leopard_028））），（Clouded leopard_25，（Sunda clouded leopard_036））），（（Serval_001，（Caracal_020，African golden cat_002）），（（（Pampas cat_3，（TigrinaCA_13，（TigrinaSA_6，（Geoffroy的cat_003，Kodkod_003）））））（（安第斯山脉cat_1，（Margay_022，Ocelot_006）））））（（（（（Bobcat_004，（Canadian lynx_3，（Eurasian lynx），001）lynx_001， （大理石猫_005，（海湾猫_2，亚洲金猫_8）））（（（（丛林猫_20，（黑脚猫_0006，（沙猫_8，（（欧洲野生猫_007，国内猫_4804）），（非洲野生猫_0004，中国沙漠猫_5） ））））（（Pallas cat_65，（生锈斑点的cat_1，（平头cat_6，（垂钓cat_02A，亚洲豹纹cat_054））））））（）（Cheetah_234，（Jaguarundi_5，Puma_28）））））））））））;）

Answer 1

您的newick树具有单例节点， read.tree无法处理。 安装phytools库，并改用read.newick函数。

请注意，您可能需要使用collapse.singles()折叠单例节点以执行任何分析

library(phytools)
tree = read.newick("phylogeny.txt")
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