使用雀躍讀取R中的newick格式系統發育史

Question

我希望使用獨立的對比進行比較分析，我相信這可以在猿中完成。 我有一個newick格式的貓科動物系統發育，當我嘗試讀取文件時，出現以下錯誤：

phy <-read.tree（“ phylogeny.txt”）if（sum（obj [[i]] $ edge [，1] == ROOT）== 1 && dim（obj [[i]] $ edge）錯誤[1]>：缺少值，需要TRUE / FALSE

誰能很好地向我解釋此錯誤的含義？

親切的問候，K.

編輯，newick字符串發布在下面：

（（（（Tiger_108，Snow leopard_024），（Jaguar_026，（Lion_127，Leopard_028））），（Clouded leopard_25，（Sunda clouded leopard_036））），（（Serval_001，（Caracal_020，African golden cat_002）），（（（Pampas cat_3，（TigrinaCA_13，（TigrinaSA_6，（Geoffroy的cat_003，Kodkod_003）））））（（安第斯山脈cat_1，（Margay_022，Ocelot_006）））））（（（（（Bobcat_004，（Canadian lynx_3，（Eurasian lynx），001）lynx_001， （大理石貓_005，（海灣貓_2，亞洲金貓_8）））（（（（叢林貓_20，（黑腳貓_0006，（沙貓_8，（（歐洲野生貓_007，國內貓_4804）），（非洲野生貓_0004，中國沙漠貓_5） ））））（（Pallas cat_65，（生銹斑點的cat_1，（平頭cat_6，（垂釣cat_02A，亞洲豹紋cat_054））））））（）（Cheetah_234，（Jaguarundi_5，Puma_28）））））））））））;）

Answer 1

您的newick樹具有單例節點， read.tree無法處理。 安裝phytools庫，並改用read.newick函數。

請注意，您可能需要使用collapse.singles()折疊單例節點以執行任何分析

library(phytools)
tree = read.newick("phylogeny.txt")
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