[英]How to make R package xgboost parallel in OS X with OpenMP compilation?
我在R中使用xgb.cv和xgboost。但是,它不能并行运行
我的示例代码如下
library(xgboost)
library(parallel)
param <- list("objective" = "reg:logistic"
, "eval_metric" = "logloss"
,"nthread" = 8
,"bst:eta" = .025
,"bst:max_depth" = 3
,"lambda" = 1
,"lambda_bias" = 0
,"alpha" = .8
,"min_child_weight" = 3
,"subsample" = .9
,"colsample_bytree" = .6)
bst.cv3 = xgb.cv(param=param, data = x, label = y,
nfold = 3, nrounds=cv.nround, missing = NA
,prediction = TRUE)
但是,以上代码不起作用。 我必须做些什么才能使其平行?
我在xgboost网站和github上发现了这个东西
但是,我无法跑步
brew install clang-omp
要么
brew install gcc --without-multilib
与须藤也无法正常工作
不幸的是,先前选择的答案现在已过时。 自制软件中不再提供clang-omp
软件包。 所以这对我有用。
首先,在外壳上:
brew reinstall gcc --without-multilib
然后,使用以下内容创建文件~/.R/Makevars
,并确保更新路径,以便它们正确反映所安装的gcc版本homebrew:
CC=/usr/local/Cellar/gcc/6.1.0/bin/gcc-6
CXX=/usr/local/Cellar/gcc/6.1.0/bin/g++-6
SHLIB_CXXLD=/usr/local/Cellar/gcc/6.1.0/bin/g++-6
FC=/usr/local/Cellar/gcc/6.1.0/bin/gfortran-6
F77=/usr/local/Cellar/gcc/6.1.0/bin/gfortran-6
MAKE=make -j8
SHLIB_OPENMP_CFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_FCFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_FFLAGS=-fopenmp
最后,重新启动R或RStudio,然后从源代码重新安装软件包。
顺便说一句,在https://asieira.github.io/using-openmp-with-r-packages-in-os-x.html上写了一篇有关此问题的小博客文章。
好吧,我知道了。
创建一个新文件vi ~/.R/Makevars
并将其放入
CC=clang-omp
CXX=clang-omp++
CXX1X=clang-omp++
SHLIB_OPENMP_CFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_FCFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_FFLAGS=-fopenmp
然后使用install.packages("xgboost", repos="http://dmlc.ml/drat/", type = "source")
如果那不起作用,请使用brew安装clang和gcc
brew reinstall clang-omp
然后运行上面的代码。
这似乎在最近的xgboost提交中已解决[1]
[1] https://github.com/dmlc/xgboost/commit/d754ce7dc19e0d7c7465999d464e13f9bf21b40d
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