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R用ggbiplot绘制PCA分数

[英]R plotting PCA scores with ggbiplot

原文 2016-03-08 23:53:16 5 1 r/ pca/ ggbiplot

我正在尝试使用ggbiplot绘制PCA得分，但由于得分和分组不匹配而无法进行。 我认为不匹配的原因是原始对数转换后的数据中的NA值（在计算PC时将其省略）。 有没有办法解决这个问题，以便我可以使用ggbiplot进行绘图？

GCelem_trans.pca<-prcomp(na.omit(GCelem_trans.log), center=TRUE, scale=TRUE)
GCelem.rxtp <- GCelem[, 9]


g <- ggbiplot(GCelem_trans.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
                  groups = GCelem.rxtp, ellipse = TRUE, 
                  circle = TRUE)
    Error in `$<-.data.frame`(`*tmp*`, "groups", value = c(2L, 5L, 5L, 2L,  : 
      replacement has 33337 rows, data has 30804

是否应该基于忽略了任何带有NA的行的GCelem副本重新计算GCelem.rxtp？

1 个解决方案

您可以尝试：

GCelem.rxtp <- GCelem[complete.cases(GCelem_trans.log), 9]

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