[英]Removing sample IDs from PCA plot in ggbiplot, R
有什么方法可以从 ggbiplot 中删除样本 ID,而是添加代表每个样本的点? 我正在使用下面的脚本,但我的 PCA 中有更多数据,并且 ID 当前使一切看起来很混乱,因此点或圆圈将是首选。
之前发布了一个类似的问题,建议在 Z64B86077DA4139966627142D3C46164CBZ 中将 geom_text() 替换为 geom_point(),但此 ggbiplot 脚本中没有 geom 文本的代码。
有没有办法使用这个脚本在 ggbiplot 中做到这一点?
library(ggbiplot)
library(datasets)
head(mtcars)
mtcars.pca <- prcomp(mtcars[,c(1:7,10,11)], center = TRUE,scale. = TRUE)
summary(mtcars.pca)
str(mtcars.pca)
ggbiplot(mtcars.pca)
ggbiplot(mtcars.pca, labels=rownames(mtcars))
mtcars.country <- c(rep("Japan", 3), rep("US",4), rep("Europe", 7),rep("US",3), "Europe", rep("Japan", 3), rep("US",4), rep("Europe", 3), "US", rep("Europe", 3))
ggbiplot(mtcars.pca,ellipse=TRUE, labels=rownames(mtcars), groups=mtcars.country)
ggbiplot(mtcars.pca,ellipse=TRUE,choices=c(3,4), labels=rownames(mtcars), groups=mtcars.country)
ggbiplot(mtcars.pca,ellipse=TRUE,obs.scale = 1, var.scale = 1, labels=rownames(mtcars), groups=mtcars.country)
ggbiplot(mtcars.pca,ellipse=TRUE,obs.scale = 1, var.scale = 1,var.axes=FALSE, labels=rownames(mtcars), groups=mtcars.country)
ggbiplot(mtcars.pca,ellipse=TRUE,obs.scale = 1, var.scale = 1, labels=rownames(mtcars), groups=mtcars.country) +
scale_colour_manual(name="Origin", values= c("forest green", "dark red", "navy blue"))+
ggtitle("PCA of mtcars dataset")+
theme_classic()+
theme(legend.position = "bottom")
通过稍微改变当前脚本的最后一部分,我能够排除标签并向点添加颜色。 现在看起来像这样。
ggbiplot(mtcars.pca,ellipse=TRUE,obs.scale = 1, var.scale = 1, colours=mtcars.country, labels=NULL +
scale_colour_manual(name="Origin", values= c("forest green", "dark red", "navy blue"))+
ggtitle("PCA of mtcars dataset")+
theme_classic()+
theme(legend.position = "bottom")
声明:本站的技术帖子网页,遵循CC BY-SA 4.0协议,如果您需要转载,请注明本站网址或者原文地址。任何问题请咨询:yoyou2525@163.com.